更新/编辑/重新显示:使用tmap
用相同的图形设备渲染相同的空间数据需要1秒,而使用ggplot2
则需要80秒,即使{{ 1}}图的R对象的大小大80倍。内部和/或实施方面的差异。包装和图形设备?
tmap
使用的数据:1-来自library(ggplot2); library(sf);
library(tmap); library(tidyverse)
library(here) # project directory
data(World) # sf object from tmap; Provides Africa polygon
# 'd' data pulled from acleddata.com/data, restricted to Aug 18 2017 - Aug 18 2018, Region: N/S/E/W/Middle Africa only
d <- read.csv(here('2017-08-18-2018-08-18-Eastern_Africa-Middle_Africa-Northern_Africa-Southern_Africa-Western_Africa.csv'))
dsf <- st_as_sf(d, coords = c('longitude', 'latitude'), crs = 4326)
包本身的'World'shapefile数据,以及
2-{{3}},2017年8月18日至2018年8月18日之间仅限于非洲的ACLED冲突事件(7.8 MB .csv;这些过滤器:)
绘图渲染:
tmap
# ggplot2; build plot, assign to object
dev.cur() # RStudioGD on macOS: quartz
system.time(p <- ggplot(World %>% filter(continent == 'Africa')) +
geom_sf() +
geom_sf(data = dsf, aes(fill = event_type,
color = event_type)) +
ggthemes::theme_tufte() +
theme(legend.key.size = unit(.1, 'cm'),
legend.title = element_blank()))
# user system elapsed
# 0.016 0.001 0.017
object.size(p)
# 175312 bytes
# render
system.time(print(p))
# user system elapsed
# 84.755 0.432 85.418 # Note over 80 seconds
[先前对geom_sf()和图形设备的查询,没有进行tmap比较:]
TL; DR:
由于默认的 Quartz 图形设备运行缓慢,因此我试图通过将图形设备切换为 X11 来加快绘图速度。下载XQuartz(以连接到X11图形设备)并调用# tmap; build plot, assign to object
tmap_mode('plot')
system.time(tm <- tm_shape(World, filter =
(World$continent == 'Africa')) +
tm_polygons(group = 'Countries') +
tm_shape(dsf) +
tm_dots(col = 'event_type', group = 'event_type'))
# user system elapsed
# 0.000 0.000 0.001
object.size(tm)
# 14331968 bytes # This is 80x ggplot2 plot's object size
# 14331968/175312 = 81.75121
# render
dev.cur() # RStudioGD on macOS: quartz
system.time(print(tm))
# user system elapsed
# 1.438 0.038 1.484 # Note 1 second
之后,我不明白我得到的错误。
grDevices::X11()
当我改为从macOS上的XQuartz.app终端调用R时,错误消息略有不同:
X11(type = "cairo")
# Error in .External2(C_X11, d$display, d$width, d$height, d$pointsize, :
# unable to start device X11
# In addition: Warning message:
# In X11() : unable to open connection to X11 display 'cairo'
#> Warning in X11(type = "cairo"): unable to open connection to X11 display ''
结束TL; DR
~~~~~~~
更广泛的上下文:
使用X11(type = "cairo")
#> Error in .External2(C_X11, d$display, d$width, d$height, d$pointsize, : unable to start device X11cairo
绘制大型shapefile时,macOS中使用的石英图形设备的绘制速度比其他设备慢得多,并且在解决了较大的性能问题时,我想将设备从Quartz更改为X11。
我按照的建议下载了XQuartz,但是即使从XQuartz启动R,我的代码也未成功调用X11。
使用与RStudio论坛发布者相同的数据进行证明:
ggplot2::geom_sf()
给定大小,此默认设备会运行异常长的129秒。 根据RStudio论坛,X11应该运行得更快。使用默认的图形设备(非Quartz)在(授权的,更快的)Windows 7计算机(32 GB RAM,3.60 GHz)上进行的测试得出:
library(sf)
#> Linking to GEOS 3.6.1, GDAL 2.1.3, proj.4 4.9.3
library(ggplot2)
tmpzip <- tempfile(fileext = ".zip")
download.file("https://github.com/bcgov/bcmaps.rdata/blob/master/data-raw/ecoregions/ecoregions.zip?raw=true", destfile = tmpzip)
gdb_path <- unzip(tmpzip, exdir = tempdir())
ecoregions <- sf::read_sf(dirname(gdb_path[1]))
## Create ggplot2 object
ecoregions_gg <- ggplot() + geom_sf(data = ecoregions)
# Running quartz device - default macOS
system.time(print(ecoregions_gg))
#> user system elapsed
#> 128.980 0.774 130.375
### ^ Note two full minutes!
人们正在解决一般的geom_sf / Quartz性能问题(,Github Issue 1)时,如何使用XQuartz安装程序运行X11并加快shapefile的绘制速度?