使用以下指南:
How to plot Pie charts in haploNet Haplotype Networks {pegas}
我能够为我的数据绘制单倍型图。这是我的代码:
library(ape)
library(plyr)
library(pegas)
## example.DNAbin is the DNAbin class object with the alignments
d <- example.DNAbin
e <- dist.dna(d)
h <- pegas::haplotype(d)
h <- sort(h, what = "label")
(net <- pegas::haploNet(h))
ind.hap<-with(
stack(setNames(attr(h, "index"), rownames(h))),
table(hap=ind, pop=rownames(d)[values])
)
col.vec <- adjustcolor(rainbow(ncol(ind.hap)), alpha=0.4)
par(bg="white")
par(mar=c(1,1,1,1))
plot(net, size=attr(net, "freq"),
scale.ratio=3.00, pie=ind.hap, bg=col.vec, fg="white")
title(main = "Haplotype Network Plot\n of Project AGBOU",
line = -2.5, col.main= "black", cex.main=2)
这是我获得的剧情:
我要进行以下更改:
我想要一张下面的图片:
我无法弄清楚plot命令所需的参数或实现此目的的正确功能组合。
我希望这里有人可以提供帮助。谢谢。