在R中的单倍型网络图上更改边缘颜色,字体颜色和刻度颜色

时间:2018-07-01 16:31:10

标签: r plot bioconductor phylogeny

使用以下指南:

How to plot Pie charts in haploNet Haplotype Networks {pegas}

我能够为我的数据绘制单倍型图。这是我的代码:

library(ape)
library(plyr)
library(pegas)

## example.DNAbin is the DNAbin class object with the alignments 
d <- example.DNAbin
e <- dist.dna(d)
h <- pegas::haplotype(d)
h <- sort(h, what = "label")
(net <- pegas::haploNet(h))

ind.hap<-with(
  stack(setNames(attr(h, "index"), rownames(h))),
  table(hap=ind, pop=rownames(d)[values])
)

col.vec <- adjustcolor(rainbow(ncol(ind.hap)), alpha=0.4)

par(bg="white")
par(mar=c(1,1,1,1))

plot(net, size=attr(net, "freq"), 
     scale.ratio=3.00, pie=ind.hap, bg=col.vec, fg="white")
title(main = "Haplotype Network Plot\n of Project AGBOU",
    line = -2.5, col.main= "black", cex.main=2)

这是我获得的剧情:

enter image description here

我要进行以下更改:

  1. 更改边缘的颜色(重要)
  2. 更改刻度线的颜色(重要)
  3. 更改圆圈内文本的颜色(不是很重要)

我想要一张下面的图片:

enter image description here

我无法弄清楚plot命令所需的参数或实现此目的的正确功能组合。

我希望这里有人可以提供帮助。谢谢。

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