Question

我们在运行conda的Ubuntu系统上。在一个环境（python2，pandas，其他软件包）中，我们尝试运行以下shell脚本： 1.创建目录（mkdir） 2.运行可执行文件的路径位于PATH（.bashrc）

中

这些都不起作用，我想我们这是配置错误。

以下是错误：

mkdir: cannot create directory ‘ResultsSparCC/Resamplings2’: No such file or directory
mkdir: cannot create directory ‘ResultsSparCC/Bootstraps’: No such file or directory
./sparccWrapper.sh: line 31: ResultsSparCC/sparcc.log: No such file or directory
Traceback (most recent call last):
  File "/home/charlesh/binf/src/sparcc/MakeBootstraps.py", line 9, in <module>
from analysis_methods import permute_w_replacement
  File "/home/binf/src/sparcc/analysis_methods.py", line 7, in <module>
from pandas import DataFrame as DF
    ImportError: No module named pandas

但是，在环境中安装了熊猫：

$conda list|grep pandas
pandas                    0.23.1           py27h637b7d7_0

以下是脚本中有问题的代码的片段：

#!/bin/bash
////
INPUT_PATH="foo.txt"
OUTPUT_PATH="ResultsSparCC"
///
mkdir  $OUTPUT_PATH/Resamplings2
mkdir  $OUTPUT_PATH/Bootstraps

建议？

Answer 1

主要建议是：阅读错误消息。

i == i1 * i2

mkdir: cannot create directory ‘ResultsSparCC/Resamplings2’: No such file or directory抱怨没有目录mkdir应该在其中创建ResultsSparCC。

因此，如果您执行Resamplings2，是否会看到目录ls -l？可能不会。如果您手动执行“ mkdir ResultsSparCC / Resamplings2”会怎样？

如果您创建目录ResultsSparCC，则所有脚本均应正常工作。

或者，使用ResultsSparCC：

mkdir -p

Conda env中的shell脚本无法执行mkdir

1 个答案: