在RStudio中运行cron作业

Question

我正在尝试通过EC2实例上的RStudio安排cron作业。
当我使用具有非常基本功能的基本脚本时，它可以正常工作。 但是，当我要调度包含特定R包中的R函数的脚本时，这些脚本将失败。

我的cron看起来像这样：

MAILTO="myemail@adress.com"
36 * * * * /home/user1/Test_for_Cron.R

启动脚本后，我收到Cron Daemon的电子邮件，内容如下：

  

R_function 中的错误：     找不到函数 R_function
  执行停止

从发现的内容来看，似乎我必须指定我要在RStudio中运行脚本，还是要“获取”该脚本。
我觉得答案可能是下面这3个帖子的组合，但是在测试了一些建议后我找不到解决方案：

Check if R is running in RStudio
Cron job for an R script failing
R command for setting working directory to source file location in Rstudio

不胜感激！

Answer 1

您误解了cron和shell命令的工作方式-R文件不可执行（除非您对其进行更改，请参见下文）。

但是如果您仅将其前缀为Rscript，则可以 1.在您的外壳中测试它，直到它起作用 2.由cron执行它，

36 * * * * Rscript /home/user1/Test_for_Cron.R

编辑：如果执行以下两项操作，则可以使其可执行：

• 添加shebang行#!/usr/bin/Rscript（或指向Rscript的路径）
• 通过chmod 755 Test_for_Cron.R将模式更改为可执行文件，该模式为您（所有者）设置读取/写入/执行，为组和其他用户设置读取/执行。

Answer 2

谢谢德克。 是的，我确实已经向脚本添加了#!/usr/bin/Rscript。 问题实际上来自一个简单的事实，即我的脚本中未加载某些库，从而导致错误并停止了该脚本。 现在所有库都已加载，一切正常！