如何使用Numba在SciPy中使用任意数量的变量和参数执行多重集成?

时间:2018-06-29 21:08:59

标签: python numpy scipy numba

我想使用 Numba 装饰多重积分的被积,以便 SciPy的Nquad 函数可以将其作为 LowLevelCallable 调用

强>。理想情况下,装饰器应该允许Nquad的 args 参数中包含任意数量的变量和任意数量的其他参数。这是基于出色的Q&A from earlier this year构建的,但是扩展到了多个变量和参数的情况。

作为一个例子,假设以下具有N个变量和K个参数的多重积分:

example

以下代码有效,但仅适用于两个变量和两个参数(N = 2,K = 2)。它不适用于更一般的情况。这是因为装饰器中的某些参数是手动枚举的( wrapped 函数中的xx [0],xx [1],xx [2],xx [3])。装饰器将必须针对每个不同数量的变量或参数进行编辑。如果可能的话,我想避免这种情况。请注意, integrand 函数本身利用了Numpy对象和方法,因此不会出现此问题。

import numpy as np
import scipy.integrate as si
import numba
from numba import cfunc,carray
from numba.types import intc, CPointer, float64
from scipy import LowLevelCallable

def jit_integrand_function(integrand_function):
    jitted_function = numba.jit(integrand_function, nopython=True)

    @cfunc(float64(intc, CPointer(float64)))
    def wrapped(n, xx):
        return jitted_function(xx[0], xx[1], xx[2], xx[3])
        #xx = carray(xx,len(xx))
        #return jitted_function(xx)
    return LowLevelCallable(wrapped.ctypes)

@jit_integrand_function
def integrand(*args):
    d = np.array([args])
    return -np.exp(d.prod())

#Two variable, two parameter example
parms = np.array([2,3])
print si.nquad(integrand,[[0,1],[0,1]],parms)

理想的代码在 integrand 函数上仅使用一个装饰器即可运行:

#Three variable, three parameter example
parms2 = np.array([1,2,3])
print si.nquad(integrand,[[0,1],[0,1],[0,1]],parms2)

Numba documents引用一个carray函数,当在回调中给出低级指针和数组大小时,该函数应返回Numpy数组。可能的是,这可以用于推广超出二变量二参数情况的代码。我(未成功)尝试实现这一点的是在两行注释掉的代码行中。

我们将不胜感激。的确,一位Numba开发人员pointed out认为SciPy集成是Numba编写的原因之一,但缺少该领域的文档和示例。

1 个答案:

答案 0 :(得分:2)

以下代码有效:

import numpy as np
import scipy.integrate as si
import numba
from numba import cfunc,carray
from numba.types import intc, CPointer, float64
from scipy import LowLevelCallable

def jit_integrand_function(integrand_function):
    jitted_function = numba.jit(integrand_function, nopython=True)
    @cfunc(float64(intc, CPointer(float64)))
    def wrapped(n, xx):
        values = carray(xx,n)
        return jitted_function(values)
    return LowLevelCallable(wrapped.ctypes)

@jit_integrand_function
def integrand(args):
    return -np.exp(args.prod())

#Two variable, two parameter example
parms = np.array([2,3])
print si.nquad(integrand,[[0,1],[0,1]],parms)

#Three variable, three parameter example
parms2 = np.array([1,2,3])
print si.nquad(integrand,[[0,1],[0,1],[0,1]],parms2)