bedr：二进制可用性检查路径R中的所有失败

Question

这是我第一次使用bedr。加载库后，所有二进制可用性检查都会失败。

library("bedr", lib.loc="~/R/R-3.4.4/library")

  ＃      bedr v1.0.4      ＃      

正在检查二进制文件的可用性...

     

  
• 检查工具的路径...失败
  
• 检查被困者的路径...失败
  
• 检查标签的路径...失败
  

     

如果缺少二进制文件，将在R CMD检查中跳过测试和示例

我最初使用的是R-3.5，我在某处读到一些R-3.5的错误会导致这种情况，因此我恢复为R-3.4.4。这似乎没有帮助。此外，我在新雇主处使用公司的笔记本电脑，并等待获得必要的管理权限以安装/下载程序。我了解这些问题可能会使事情进一步复杂化。有没有人能够诊断出此故障的真正原因和/或解决问题？

Answer 1

您可以安装软件包bedtools，bedops和tabix。 如果您在Unix环境中，请使用sudo apt install安装这些软件包

此后，所有检查都应为“通过”