Question

我正在编写使用命令行工具的R代码。

这些工具会创建临时文件，这些文件是代码继续运行所必需的，此代码将提供给其他用户使用。

我的问题是，特别是其他用户将使用此代码，并且我不想覆盖用户现有的文件，通过R处理这些文件的最合适方法是什么。

我应该创建一个特定的目录来保存这些文件吗？在R代码中实现命令行工具是一个好主意吗？

我正在使用kentUtils bedToPsl，因此正在创建一个psl文件，然后我正在使用pslMap，因此pslMap mapInfo的输出也存储在另一个文件中。

我只对mapInfo的结果感兴趣，而对创建的其他文件不感兴趣。

Answer 1

如果是我，我将使用以下命令创建两个目录workspace/temp和workspace/output：

    dir.create("./temp")
    dir.create("./output")

（您可以更优雅地完成此操作，但我看不到两行的意思。）

在R中，您可以使用file.exists("./output/foo.msl")之类的命令访问文件。这是documentation。如果使用此相对寻址，则可以四处移动代码，它仍然可以使用。

temp 的含义是，在会话后，可以删除所有内容。您可以在输出目录中提供mapInfo。

根据谁在使用您的代码和数据，您可能想要更改各种目录上的特权。根据您是在Windows，Mac还是类似UNIX的环境中工作，里程会有所不同。