rtsne:困惑太大

时间:2018-06-28 18:50:46

标签: r pca

我正在尝试在具有以下尺寸的基因表达矩阵上使用tSNE:7x5000。我删除了低方差,低表达和重复的值:

     ENSMUSG00000022037 ENSMUSG00000064351 ENSMUSG00000047517 ENSMUSG00000101111
852_1           18.04494           16.58238          14.760356           14.72078
852_2           18.33979           16.08849          15.846886           14.13721
852_3           17.27803           16.63105          13.483438           14.78686
852_4           18.08123           16.17240          13.854479           13.97815
853_1           15.87570           16.43745          10.016808           14.47457
853_2           14.13963           18.19087           8.654636           16.73305
853_3           17.95099           16.66351          17.109841           14.49093

这是我运行tSNE的方式:

tsne_out <- Rtsne(mat, dims = 3) 

但这给了我以下错误:

Error in Rtsne.default(unique(t(highly_variable)), dims = 3) : 
  Perplexity is too large.

有人可以告诉我我在做什么错吗?

谢谢!

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