通过ggplot2抑制小提琴图中的分散抖动点

Question

以下代码用于在ggplot2中生成小提琴图：

ggplot(violin,aes(x=variable,y=log(value+0.5),color=Group)) + 
  geom_violin(scale="width") + 
  geom_jitter(aes(group=Group), position=position_jitterdodge()) + 
  stat_summary(fun.y="mean",geom="crossbar", mapping=aes(ymin=..y.., ymax=..y..), 
     width=1, position=position_dodge(),show.legend = FALSE) + 
  theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, margin=margin(0.5, unit="cm")))

结果图如下：

如您所见，有些点在小提琴形状的边界之外抖动，我需要将这些点放在小提琴的内部。我玩过不同程度的抖动，但没有取得任何成功。我将不胜感激实现这一目标的任何指针。

Answer 1

软件包ggbeeswarm具有准随机性和蜂群性，它们完全可以满足您的搜索需求：https://github.com/eclarke/ggbeeswarm

Answer 2

选项1

使用geom_beeswarm软件包中的geom_quasirandom函数：

准随机几何是一种方便的方法，可以抵消类别内的点以减少过度绘图。使用vipor包。

library(ggbeeswarm)
p <- ggplot(mpg, aes(class, hwy))
p + geom_violin(width = 1.3) + geom_quasirandom(alpha = 0.2, width = 0.2)

选项2

这不是令人满意的答案，因为通过限制水平抖动，我们无法达到处理过度绘图的目的。但是，您可以扩大小提琴图的宽度（width = 1.3），并使用alpha来提高透明度，并限制水平抖动（width = .02）。

p <- ggplot(mpg, aes(class, hwy))
p + geom_violin(width = 1.3) + geom_jitter(alpha = 0.2, width = .02)

Answer 3

这个问题有点老了，但我认为有更好的解决方案。

正如@Richard Telford在评论中指出的那样，geom_sina是IMO的最佳解决方案。

模拟数据

df <- data.frame(data=rnorm(1200), 
                 group=rep(c("A","A","A", "B","B","C"),
                           200)
                 )

制作情节

ggplot(df, aes(y=data,x=group,color=group)) +
  geom_violin()+
  geom_sina()

结果

希望这会有所帮助。