Question

我有一堆名称为文本（输入）的文件

foo_bar_abc_1_01_geh_file.in
foo_bar_abc_1_02_geh_file.in
foo_bar_abc_1_03_geh_file.in
...
...
foo_bar_abc_1_1000_geh_file.in

我使用以下命令来运行这些多个作业（在HPC群集中）

for f in foo*.in; do qsub -N test -v infile=$f run.pbs

此单行脚本中的问题在于，队列中的所有作业的作业名称（集群中的名称）都相同（即test是所有作业的名称）。

我想为每个作业命名，例如test01，test02，test03 ... test1000（从相应文件名中提取/提取的数字。例如，

   #For foo_bar_abc_1_01_geh_file.in, the Job Name should be test01,   
   #For foo_bar_abc_1_02_geh_file.in, the Job Name should be test02,   
   #For foo_bar_abc_1_100_geh_file.in, the Job Name should be test100,
   etc.

这是怎么做的？

Answer 1

您可以像使用cut

for f in foo*.in; do qsub -N test$(echo $f|cut -d_ -f5) -v infile=$f run.pbs; done

其中

-d_将分隔符设置为_和
-f5仅选择第5列（即工作编号）

使用qsub运行具有唯一名称的多个作业

1 个答案: