如何有效地存储和访问4D矩阵？

Question

我有一个 4D矩阵，该数据不能放入RAM（〜70GB）。它代表沿时间的体积图像（尺寸x，y，z，t）。有时我想访问一个xy切片，有时我想访问沿着t的体素的所有值，有时我想访问沿着t的一组xyz值的值。

我实现此目标的方法是将4D原始二进制矩阵存储在内存中，并使用NRRD library来访问它，这要归功于分离的标头，以及是否通过matlab中的内存映射。 / p>

问题在于它效率低。我在“慢速”轴上经历了巨大的访问时间。所以问题是：如何有效地做到这一点？（我的存储是带有硬盘的RAID）。

我可以尝试几件事：

• 更改语言（C会更快吗？）
• 尝试HDF5块（这就是this post的建议）
• 购买SSD（不是一个真正的选择，因为我有数百TB的存储和访问权限，而且SSD非常昂贵）

请注意，只有一部分值是相关的（想象一个立方体中的球体），我可以利用它来获取空间。