Question

尝试测试RCyjs软件包，因为我想了解有关在R / Shiny应用程序中使用Cytospace.js的知识。但是，我运行以下命令：

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("RCyjs")
library(RCyjs)

g <- simpleDemoGraph()
noaNames(g)
edaNames(g)
noa(g, "type")
noa(g, "lfc")
eda(g, "edgeType")
eda(g, "score")
g <- simpleDemoGraph()
rcy <- RCyjs(portRange=9047:9067, quiet=TRUE, graph=g);
title <- "simple graph"
setBrowserWindowTitle(rcy, title)

是安装，也是RCyjs插图的第一个示例。我收到此错误：

file.exists（browserFile）中的错误：参数“ browserFile”为缺少，没有默认值

在RCyjs（...）行上。

有人有什么建议吗？即使教程似乎都不起作用，也不确定要去哪里。

Answer 1

此问题已在github上的devel（2.3.6）和发行版（2.2.1）中修复。 Bioconductor构建系统也将很快完成其日常工作，然后biocLite("RCyjs")将安装一个固定版本。

git clone git@git.bioconductor.org:packages/RCyjs
cd RCyjs
R CMD INSTALL .

您的错误报告是一个警钟，它激发了我们对自动化测试方法的重新思考。对基于浏览器的软件包进行测试曾经是Bioconductor构建过程的一部分，但现在不再如此。 Max明智地提出将travis / ci与github commits集成在一起。我应该在几个月前完成。

尝试运行RCyjs示例时出现BrowserViz错误

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