Question

我正在使用通过蟒蛇（版本5.2）安装的R（3.4.3）。我已经使用conda安装了zlib。但是，当尝试安装Bioconductor R软件包：“ ShortRead”时，出现此错误：

checking for gzeof in -lz... no
configure: error: zlib not found
ERROR: configuration failed for package ‘ShortRead’

我尝试使用Bioconductor biocLite安装在R中并安装.packages，但是没有运气！

我还尝试过直接从conda安装：

conda install -c bioconda bioconductor-shortread 
Solving environment: failed
UnsatisfiableError: The following specifications were found to be in conflict:
  - bioconductor-shortread
Use "conda info <package>" to see the dependencies for each package.

似乎conda的R 3.4.3不提供此软件包。

我还手动下载了zlib软件包。编译后，我尝试通过将LD库路径导出到zlib的lib位置来进行安装：

export LD_LIBRARY_PATH=/pathtozlib/zlib/lib

它也没有帮助。任何帮助将不胜感激！

PS我在工作的计算机上没有root特权。

我发现其他人正面临这个问题： https://support.bioconductor.org/p/108808/。他们认为这可能是conda库的问题。

谢谢

Answer 1

我认为问题在于autotools中r-base>3.4.1b2的配置，但是我无力解决。好的一面是，尽管configure在预安装期间找不到zlib，但是zlib实际上存在于任何带有r-base的Conda环境中，并且可以在安装过程中链接实际安装。我提交了issue at Conda-Forge，但是直到并且除非问题在r-base中得到解决，否则我制作了ShortRead的分支，跳过了检查。 r-base=3.5.1对我有用。

tldr： remotes::install_github("brendanf/ShortRead")

Answer 2

过去一周我有同样的错误。我尝试了有关Internet上zlib库的所有提及的事情。我无法正确修复。我已经在运行时安装了zlib：pkg-config zlib --libs;我得到的输出：-lz $ pkg-config zlib --libs -lz

我正在运行conda（v4.5.4）。 R版本3.4.3，我将R作为conda环境。我认为问题出在多个zlib库（ubuntu base和conda）上。

我以某种方式使它起作用。我所做的是将R安装在ubuntu shell中（即conda之外），然后在其中安装ShortRead库。 zlib没有冲突/错误。之后，我将核心Rlib目录添加到conda中的libPaths中。

$.libPaths(c('/home/aridaman/.conda/envs/rstudio/lib/R/library','/usr/local/lib/R/site-library/','/usr/lib/R/site-library','/usr/lib/R/site-library'))

这不是理想的方法，但是以某种方式对我有用。我希望有一个更好的基于conda的解决方案。

Answer 3

如果您正在运行使用opencv的深度学习算法，并且在安装所有依赖项时找不到zlib，请不要惊慌。我遇到了同样的问题。可能有以下原因：

如果您安装了类似anaconde的IDE，则您的pip版本将自动设置为3.4.2，而在此版本中，zlib.h会出现问题，因此会显示错误。因此，最好创建一个虚拟环境，请尝试安装最新版本的pip，如果没有安装，请卸载anaconda并使用来自pip的jupyter {具有最新的pip版本}。
如果您的pip版本未更新，请以最新版本进行更新。

安装ShortRead时找不到zlib

3 个答案: