我正在努力：library（pathview）
我有一个数据框（“ T3”），其中包含以下列名称和可能的标识符，以将Fold变化映射到一个显着丰富的KEGG途径：
KEGGid SYMBOL Human_ENSEMBL Human_ENTREZID Mouse_ensembl_gene_id Mouse_ENTREZID
花了很长时间学习如何获取所有这些可能的ID，但是不幸的是，当我尝试通过将标识符分配为行名将它们映射到相关的KEGG节点时，我似乎没有产生结果（错误消息：
警告：没有基因或化合物映射到该途径！
参数gene.idtype或cpd.idtype可能是错误的。
select（db.obj，keys = in.ids，keytype = in.type，列= c（in.type，：
未使用的参数（键= in.ids，键类型= in.type，列= c（in.type，out.type））
$<-.data.frame（*tmp*中的错误，“标签”，值= c（“”，“”，“”，“” 、：
替换有82行，数据有89行
）
这令人沮丧，因为T3包含所有注释到PI3K信号传导的转录本，因此它们应该进行映射。我一直在使用的标识符似乎都不起作用？但是，我知道这些成绩单是对应的。例如，使用列表中的“ AKT3”，我们可以在线突出显示该节点[https://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?hsa04151+10000]，其中地址末尾的+1000指定要以红色突出显示的AKT节点。
例如命令行
SYMBOL <- c("AKT3", "AKT3")
Human_ENSEMBL<- c("ENSG00000117020","ENSG00000275199")
Human_ENTREZID <-c("10000", "10000")
Mouse_ensembl_gene_id <- c("ENSMUSG00000019699", "ENSMUSG00000019699")
Mouse_entrezgene <- c(23797, 23797)
log2FoldChange <-c(-0.676668324, -0.676668324)
T3 <- c(SYMBOL, Human_ENSEMBL, Human_ENTREZID, Mouse_ensembl_gene_id,
Mouse_entrezgene, log2FoldChange)
row.names(T3) <- T3$SYMBOL ##For example here using SYMBOL but I have tried a
lot of the other identifiers
pv.out <- pathview(gene.data = T3,
pathway.id = "hsa04151",
out.suffix = "Control vs Treatment" )
感谢您抽出宝贵时间来帮助
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