我正在寻找一种解决以下问题的算法：说我有一个有序事件序列的集合，并希望从中创建表
AB
BC
指向表格的表格
ABC
**
**
第一行是标题。对于每个输入序列，我希望在发生的事件的列中带有标记的行。
另一个更复杂的示例（包含三个序列）将是：
AAB
BBA
CBA
导致
CBBAAB
***
***
** *
我知道有时候有多种可能的解决方案（例如，两个序列仅包含一个事件的琐碎示例，我可以自由决定哪个是第一个）。我只对任何解决方案感兴趣，生成的标头序列（在上一个示例中为CBBAAB）应尽可能短。
有人知道解决该问题的算法吗？
答案 0 :(得分：1)
原来，我要在此处解决的问题称为（多个）sequence alignment。这在生物信息学中非常普遍（他们正在使用它来比较DNA字符串）。有很多用于DNA序列比对的工具，但是通用工具的数量似乎非常有限。
GitHub上的noporpoise/seq-align似乎很有希望。我将不得不围绕它构建一些工具以使其适应我的目的。我的序列元素是多个字符，但是由于我没有那么多，所以我可以将它们映射到ASCII字符。而且该工具仅执行成对序列比对，因此我将不得不链接调用。为了找到最佳解决方案，我必须对每个可能的链（生成所有排列）执行该解决方案。
答案 1 :(得分：1)
我相信可以用更简单的方法解决它。在我看来，这个问题似乎是先找到最短的公共超序列，然后再寻找标记-计算具有超序列的每个字符串的公共子序列。
例如：
AAB
BBA
CBA
AAB, BBA之间最短的常见超序是BBAAB或AABBA
那么BBAAB和CBA之间的最短超序为CBBAAB或AABBA和CBA之间的最短超序为CAABBA
现在要找到AAB的标记，找到CBBAAB和AAB之间的公共子序列。
对于BBA和CBBAAB以及CBA，CBBAAB
以下一些链接可帮助您找到它们：