Question

我正在使用igraph软件包来绘制我在yEd中创建的图形。这是一张应该叠加在地理地图上的图形，因此我要做的第一件事就是更改顶点坐标，以使其与所代表的经度/纬度相匹配。（简单的线性变换）

我尝试使用GraphML格式，但是iGraph无法读取yEd创建的GraphML文件，因此，我将图形另存为GML文件。顶点信息的结构如下：

node [
    id  0
    label   ""
    graphics [
        x   2181.0043222386603
        y   1463.6747524664843
        w   5.2609883750396875
        h   5.1510372122625085
        type    "ellipse"
        raisedBorder    0
        fill    "#FFCC00"
        outline "#000000"
    ]
]

如您所见，坐标保存在graphics属性中。这是有效的GML语法（至少AFAIK）。但是，load_graph无法正确处理此属性，并且iGraph不会保存坐标。当我尝试提取顶点属性时，得到以下信息：

> vertex_attr(g) %>% glimpse()
# List of 3
#  $ id      : num [1:73] 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 ...
#  $ label   : chr [1:73] "" "" "" "" ...
#  $ graphics: chr [1:73] "qÑÜ\020#8" "qÑÜ\020#8" "qÑÜ\020#8" "qÑÜ\020#8" ...

如何正确加载图形，包括x和y坐标？

Answer 1

从igraph documentation来看，它读取GML的能力的局限之一是

仅使用节点和边属性，并且仅当它们具有简单的类型：整数，实数或字符串。因此，如果属性是数组或记录，则将其忽略。如果仅某些值，则也是如此属性很复杂。

这可能是为什么graphics属性遇到问题的原因。 igraph也应该能够读取graphml格式，但是可能遇到相同的障碍。

幸运的是，如果您需要解决方法，GML是一种人类可读的格式，相对而言，解析起来相对容易。例如，如果仅需要节点的x和y坐标，则可以执行以下操作：

library(igraph)

g <- read_graph("graph.gml", format="gml") #create graph object

z <- readLines("graph.gml") #create character vector from which to grep out attributes

id <- trimws(gsub("\t\tid\t", " ", z[grep("\t\tid\t", z)])) #retrive node ids 
totid <- length(id) #retrieve number of nodes

#grep for and extract x and y attributes
xcor <- as.numeric(trimws(gsub("\t\t\tx\t", " ", z[grep("\t\t\tx\t", z)])))[1:totid]    
ycor <- as.numeric(trimws(gsub("\t\t\ty\t", " ", z[grep("\t\t\ty\t", z)])))[1:totid]

#edges will also have x and y coordinates, so we need to index by the number of nodes

#add attributes back into graph object
g <- set.vertex.attribute(g, "x", value=xcor) 
g <- set.vertex.attribute(g, "y", value=ycor)

在iGraph中更改图形顶点的X和Y坐标

1 个答案: