将bash脚本合并到R包中？

Question

背景

我正在编写R包以支持可重复的研究。此时，工作流主要由bash脚本组合在一起，我可以通过发送像./runscript.sh这样的单个命令来运行分析。我使用bash进行以下操作：

1. 文件操作tar，rsync，'重命名'
2. 在本地并通过ssh
运行bash文件
3. 使用R --vanilla运行R脚本，然后调用R函数
4. 使用sed
查找并替换文件中的文字
5. 通过qsub
提交工作

在我看来，从R函数或R脚本执行整个工作流程会更有效（更清晰，更简单）。我偏爱R，因为我对它更熟悉，并且主要在emacs ESS中工作。

问题

1. 是否值得使用system和files函数将所有这些bash用法封装在R中？

2. 还有其他我尚未找到的R套餐会对此有帮助吗？

备注

根据Al3xa的回答，我意识到重要的是要注意使用例如速度惩罚。 R vs bash版本的tar和gsub在1000-2000文件上可能会比工作流程中的当前速率限制步骤少：JAGS（~10-20min）和FORTRAN（＆gt; 4hrs）的计算

Answer 1

嗯，有tar，gsub等函数。无论如何，我想你愿意创建一个跨平台解决方案。为了速度，您应该更喜欢使用bash，并且仅将R用于特定于R的函数。我发现在system和/或file.*中包装所有基于系统的命令并不有用...它会慢得多......如果你使用Linux，我建议{{ 1}}超过littler界面。

Answer 2

我非常喜欢将R用作“集成”环境与bash脚本。我正在将所有bash和ruby脚本移动到Rscript，因为我需要对它们进行更改。

只有几个原因不会让人想到将所有东西都转移到R中。我主要是指使用Rscript来完成这个

1）速度，从我的测试来看，在我遇到的任何情况下都会产生适度的影响，而且相对于你提到的时间而言，这将是微不足道的。

2）可移植性，因为Rscript的路径等可能因系统而异。我在OS X上写东西并将它们移到Linux服务器上没有问题，但在Windows上可能会中断。

我书中的优点是：

1）我写起来容易得多。我不必在条件语句和循环之类的细微特性之间来回切换。

2）更宽容。我无法描述我花了多少时间来尝试让bash脚本工作，因为我不小心有一个我不应该拥有的空间。 R在这方面要好得多（是的，当然，我们都应该完全遵循R中的惯例，但是如果我不这样做，我宁愿它不会让我停顿几个小时。）

3）我做得更好。对于tar一个文件并不重要，但我发现我在R与awk/sed中做了更好的文本操作。

Re：有用的软件包 - 根据我的知识，这不存在，但是我喜欢基于R的make版本.make的语法是那里最不灵活的语法之一（标签与空格？真的吗？） - 我很乐意写一个基于R的替代方案。有一天，我会...