Question

我认为这是环境问题，但是我是linux新手。

我尝试在pycharm中运行subprocess.run（'multiqc。'）但它告诉我找不到文件

FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: 'multiqc .'

和echo $PATH显示anaconda路径已公开

$ echo $PATH /media/SSD1T/Software/anaconda3/bin:

我尝试了subprocess.run('multiqc', shell = True)，它返回错误：/bin/sh: 1: multiqc: not found

在终端中，我可以打multiqc没问题

$which multiqc /media/SSD1T/Software/anaconda3/bin/multiqc

尝试在pycharm中运行其他命令，没问题：

subprocess.run('ls')

In[11]: subprocess.run("ls")
loadSamples.py
venv
xFastqc.py
xTrim.py
Out[11]: CompletedProcess(args='ls', returncode=0)

唯一可行的方法是将整个路径添加到subprocess.run

In[12]: subprocess.run("/media/SSD1T/Software/anaconda3/bin/multiqc")
Usage: multiqc [OPTIONS] <analysis directory>

Error: Missing argument "analysis_dir".

This is MultiQC v1.5

For more help, run 'multiqc --help' or visit http://multiqc.info

Out[12]: CompletedProcess(args='/media/SSD1T/Software/anaconda3/bin/multiqc', returncode=2)

我的问题是：如何只用multiqc来调用subprocess.run，而又不把它放在整个路径上？

谢谢

Answer 1

因此，我通过向/ usr / bin添加链接来绕过此问题。如果您有更好的解决方案，请让我知道。

谢谢

Answer 2

这是一个古老的问题，但是为了将来的Google员工，我可以尝试提供帮助。我认为问题在于使用subprocess会打开一个新的shell，其中未激活具有MultiQC的conda环境。因此，multiqc上PATH不可用，您必须指定二进制文件的完整绝对路径。

如果我是对的，那么问题不仅仅在于MultiQC，而更多的是关于在子流程调用中使用conda的问题。此主题有several other个堆栈溢出问题。快速而肮脏的方法是仅在同一subprocess调用中激活相关的conda环境：

subprocess.run('source activate base && multiqc .', shell = True)

但是，我有个好消息！从MultiQC v1.8（应在几天后发布）和请求请求#1042开始，您现在可以将MultiQC导入python脚本并作为函数运行。这更容易，更便携。您可以在此处查看示例：https://github.com/MultiQC/MultiQC_Notebook

基本脚本：

import IPython
import multiqc

multiqc.run('./path/to/data/')

IPython.display.IFrame('./multiqc_report.html', '100%', 600)

子进程未在pycharm中调用multiqc

2 个答案: