select列在列标题中具有相同的字符串

Question

我有一个包含很多列的数据文件。它是从具有相同格式的文件生成的。标题是这样的：

gene    strand  coord   exression   SRR1234 gene    strand  coord   exression   SRR1235 gene    strand  coord   exression   SRR1236

我希望提取＆＃34;基因＆＃34;和＃34; SRR *＆＃34;在shell中。

有没有人有这方面的经验？

Answer 1

cols=$(head -n 1 datafilename | sed -e "s/\s\+/\n/g" | nl -w1 | grep 'SRR*\|gene' | cut -f 1)
cut -f"${cols//$'\n'/,}" datafilename

如何？

首先，我们仅使用head读取第一行，然后使用sed将空格（在这种情况下为制表符）更改为换行符，然后在其旁边打印出带有数字的列与nl。看起来像这样：

1 gene
2 strand
...

此后，我们仅通过grep显示包含您要关注的项目的行，然后仅保留cut的第一个字段，只剩下前面的数字。我们想要的列的列名。现在我们有了一个关心的换行符分隔的数字列表，因此我们使用参数扩展进行替换，将其更改为逗号分隔的数字列表，然后将其传递给cut以仅显示那些列。 / p>