我遇到了使用Python的Doxygen for Windows的问题，其中具有相同failename的输入文件会导致与输出文件冲突。这似乎是doxygen中的一个错误 - 有没有办法解决这个问题？
背景
我们使用Doxygen为我们的API构建文档。我们的项目绝大部分是用python编写的，我们客户关心的唯一组件是python。由于历史事故，我们的课程经常有不幸的命名惯例。
例如，我们有一个完全限定名称为的类：
tools.b.foo.Foo
tools.b.bar.Bar
后来这个课程重新实施并放入一个新模块：
tools.c.foo.Foo_improved
tools.c.bar.Bar_improved
当我们想要构建我们的工具API文档时，我们有一个过程，它将工具。*检入构建服务器上的目录，然后我们用相当标准的配置文件调用doxygen。
我们希望输出中应该有四个HTML文件，两个用于foo，两个用于bar。但是我们得到的只是两个文件。两组sript都被解析，但由于模块名称相同，旧版本的文档最终会覆盖为新版本生成的文档。因此，在每个复制python模块名称的情况下（但在不同的子包中），我们只为每个文件名获取一个doc文件。
仅供参考，我们在Windows XP 32bit上使用doxygen 1.7.1和Python 2.4.4
配置文件在这里： http://pastebin.me/002f3ec3145f4e1896a9cf79e7179493
更新1：在生成的doc索引中，我可以看到所有四个文件的条目，但是如果我按照指向Foo和Foo_improved的链接指向同一个文件。