Question

我有一个很长的bash脚本，其中我使用术语＆＃34; patient_number = $ 1＆＃34;来指示样本/患者＃这样我就可以运行脚本：

sh myscript.sh 551
sh myscript.sh 1034

（即针对不同的患者）

脚本完美无瑕地运行，直到我完成最后一步，只是用awk排序一些东西：

awk '{ OFS = "\t" ; if ($5 + 6 >= 5) print > "Cflo"$patient_number"_5Xcovered_withcoverage.txt" }' /path/to/my/original/filefor"$patientnumber".txt

当我手动运行它时，命令本身就可以工作。但在这里，它开始创建无限数量的文件，取代＆＃34; $ patient_number＆＃34;带有一串数字和问号，如：

Cflo9?9945?9945?0?0?9_5Xcovered_withcoverage.txt
Cflo9?9948?9948?0?0?6_5Xcovered_withcoverage.txt
Cflo9?9951?9951?0?0?6_5Xcovered_withcoverage.txt
Cflo9?9952?9952?0?0?7_5Xcovered_withcoverage.txt
Cflo9?9956?9956?0?0?6_5Xcovered_withcoverage.txt
Cflo9?9957?9957?0?0?6_5Xcovered_withcoverage.txt
Cflo9?9961?9961?0?0?5_5Xcovered_withcoverage.txt
Cflo9?9968?9968?0?0?5_5Xcovered_withcoverage.txt
Cflo9?9972?9972?0?0?4_5Xcovered_withcoverage.txt
Cflo9?9976?9976?0?0?5_5Xcovered_withcoverage.txt
Cflo9?9977?9977?0?0?5_5Xcovered_withcoverage.txt
Cflo9?9979?9979?0?0?2_5Xcovered_withcoverage.txt
Cflo9?9980?9980?0?0?2_5Xcovered_withcoverage.txt
Cflo9?9983?9983?0?0?4_5Xcovered_withcoverage.txt
Cflo9?9984?9984?0?0?2_5Xcovered_withcoverage.txt
Cflo9?99?99?0?0?8_5Xcovered_withcoverage.txt

在我停止之前，我让它几乎运行到100万个文件。有谁知道可能导致这种情况的原因？

谢谢！

Answer 1

实际上，我发现只需重新排列即可修复它。必须是双引号的问题：

来自：

awk '{ OFS = "\t" ; if ($5 + 6 >= 5) print > "Cflo"$patient_number"_5Xcovered_withcoverage.txt" }' /path/to/my/original/filefor"$patientnumber".txt

到此：

awk '{ OFS = "\t" ; if ($5 + 6 >= 5) print $0 }' /path/to/my/original/filefor"$patientnumber".txt > Cflo"$patient_number"_5Xcovered_withcoverage.txt

为什么awk卡住并生成无限文件？

1 个答案: