Question

背景信息：对于查看此问题的任何人都可以。我是一个开始的python编码器（2周强大！）我相信我最初设计我的课程很差，并且正在寻求帮助以重新设计基本的（在Locus.py中）。

背景：到目前为止，该项目有4个类，可以在这里找到（https://github.com/asriley/HalfSiblings）。基类基因座具有表示遗传数据等位基因的元组（a，b）。下一个类个人有一个等位基因列表：[（a，b），（c，d），（a，e），（f，d）]。 一般来说，我们每个人都有n个人和l个基因座。

样本数据：7个位点（cols）的7个人（行）

1,1 5,3 4,3
1,2 4,7 3,7
2,3 3,6 5,4
2,4 7,4 4,9
3,6 8,9 3,0
6,5 4,8 0,0
7,7 7,7 7,9

我试图弄清楚如何设计这个类以将其合并到其他类（特别是个人）中，因为最终我必须使用networkx来构建数据图。

Locus类的完整片段和当前错误：

class Locus:
    # constructor
    def __init__(self):
        self.alleles = ()
    def get_alleles(self):
        return self._alleles    
    def set_alleles (self,x, y):
        if x and y:
            self._alleles = (x,y)
    alleles = property (get_alleles, set_alleles)

l1 = Locus()
l1.set_alleles(1,2)
l1.set_alleles(2,3)
print (l1.get_alleles()) 

Traceback (most recent call last):
  File "Locus.py", line 13, in <module>
  l1 = Locus()
  File "Locus.py", line 4, in __init__
  self.alleles = ()
TypeError: set_alleles() missing 1 required positional argument: 'y'

任何人都可以协助我如何妥善处理这门课程吗？

文件解析是在github链接的其他一个类中完成的。所以这不是问题。最后，我想将个人的2D列表（包含遗传基因座信息）发送给其他班级。

Answer 1

我看到你想使用@property装饰器来获取/设置Locus类的元组，这是一种可行的方法：

class Locus:

    @property
    def alleles(self):
        return self._alleles

    @alleles.setter
    def alleles(self, value):
        try:
            x, y = value

            # ... Tuple processing goes here ...

            self._alleles = (x, y)
        except ValueError:
            raise ValueError("(x,y) tuple expected")


l1 = Locus()
l1.alleles = (1, 2)
l1.alleles = (2, 3)
print(l1.alleles)

设计此Locus类的最佳方法

1 个答案: