Question

我试图将两个数据帧读入一个比较对象，以便我可以使用pgls绘制它们。

我不确定返回的错误意味着什么，以及如何摆脱它。

我的代码：

library(ape)
library(geiger)
library(caper)

taxatree <- read.nexus("taxonomyforzeldospecies.nex")
LWEVIYRcombodata <- read.csv("LWEVIYR.csv")


LWEVIYRcombodataPGLS <-data.frame(LWEVIYRcombodata$Sum.of.percentage,OGT=LWEVIYRcombodata$OGT, Species=LWEVIYRcombodata$Species)

comp.dat <- comparative.data(taxatree, LWEVIYRcombodataPGLS, "Species")

返回错误：

> comp.dat <- comparative.data(taxatree, LWEVIYRcombodataPGLS, 'Species')
Error in if (tabulate(phy$edge[, 1])[ntips + 1] > 2) FALSE else TRUE : 
  missing value where TRUE/FALSE needed

Answer 1

这可能来自您的数据集，并且您的系统发育中存在一些comparative.data难以处理的差异（通过查看错误消息）。

您可以尝试使用dispRity::clean.data清除数据集和树：

library(dispRity)

## Reading the data
taxatree <- read.nexus("taxonomyforzeldospecies.nex")
LWEVIYRcombodata <- read.csv("LWEVIYR.csv")
LWEVIYRcombodataPGLS <- data.frame(LWEVIYRcombodata$Sum.of.percentage,OGT=LWEVIYRcombodata$OGT, Species=LWEVIYRcombodata$Species)

## Cleaning the data
cleaned_data <- clean.data(LWEVIYRcombodataPGLS, taxatree)

## Preparing the comparative data object
comp.dat <- comparative.data(cleaned_data$tree, cleaned_data$data, "Species")

但是，正如@MrFlick建议的那样，如果没有可重复的示例，很难知道是否能解决问题。

Answer 2

这里的错误是我使用的是nexus文件，虽然?comparitive.data没有指定它应该使用哪些phylo对象，但是newick树似乎工作正常，而nexus文件却没有。

在R中从两个数据帧创建一个分区对象，用于比较系统发育

2 个答案: