Question

如标题中所述，TCGA2STAT R package在Windows中不起作用。（用于从广泛的研究所服务器下载压缩的TCGA数据）

当我运行getTCGA函数时，会出现以下错误：

错误：系统中未安装TAR。数据解压缩失败。

我尝试根据互联网搜索结果安装cygwin，Rtools，7zip等，但没有一个能够正常工作。

我不知道Windows本身是否存在问题。

除了在Linux上运行之外，还有其他解决方案吗？

提前谢谢。

BH Kim

Answer 1

如果您安装了"CastSpell"，则可能只需要明确设置Rtools安装的路径，例如

Rtools

它也可能有助于检查

Sys.setenv(R_GZIPCMD ="C:\\Rtools\\bin\\gzip")
Sys.setenv(TAR ="C:\\Rtools\\bin\\tar")

查看是否存在可能存在冲突的其他版本的tar

Answer 2

以斯帖，更改为Sys.setenv（TAR =“C：\ Rtools \ bin \ tar”）后，出现以下错误：

getTCGA（disease =“LUSC”，data.type =“RNASeq2”，type =“”，filter =“Y”，
+ p = getOption（“mc.cores”，2L），临床= FALSE，cvars =“OS”）

RNASeqV2 data will be imported! This may take some time!

gzip: stdin: invalid compressed data--format violated
/Rtools/bin/tar: Unexpected EOF in archive
/Rtools/bin/tar: Unexpected EOF in archive
/Rtools/bin/tar: Error is not recoverable: exiting now
Error in read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote,  : more columns than column names
In addition: Warning messages:
1: running command 'C:\Rtools\bin\tar -ztf "LUSC-RNAseq2GeneNorm.tar.gz"' had status 2 
2: running command 'C:\Rtools\bin\tar -zxf "LUSC-RNAseq2GeneNorm.tar.gz" "gdac.broadinstitute.org_LUSC.Merge_rnaseqv2__illuminahiseq_rnaseqv2__unc_edu__Level_3__RSEM_genes_normalized__data.Level_3.2016012800.0.0/LUSC.rnaseqv2__illuminahiseq_rnaseqv2__unc_edu__Level_3__RSEM_genes_normalized__data.data.txt"' had status 2 
3: In utils::untar(paste(dataset, "-RNAseq2GeneNorm.tar.gz", sep = ""),  :
  ‘C:\Rtools\bin\tar -zxf "LUSC-RNAseq2GeneNorm.tar.gz" "gdac.broadinstitute.org_LUSC.Merge_rnaseqv2__illuminahiseq_rnaseqv2__unc_edu__Level_3__RSEM_genes_normalized__data.Level_3.2016012800.0.0/LUSC.rnaseqv2__illuminahiseq_rnaseqv2__unc_edu__Level_3__RSEM_genes_normalized__data.data.txt"’ returned error code 2
4: In read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote,  :
  line 1 appears to contain embedded nulls

TCGA2STAT R包在windows中不起作用：如何解决？

2 个答案: