R网状无法找到已安装的python库

时间:2018-06-07 18:08:04

标签: r reticulate

我冒险在R中使用Reticulate并且在安装软件包时遇到问题,特别是psycopg2但我也尝试使用相同的结果安装twisted

在R中加载reticulate后,我仔细检查以确保我的软件包已安装:

> conda_install(envname = "r-reticulate", packages="psycopg2")
Solving environment: ...working... done

# All requested packages already installed.

看起来不错。所以我把我的condaenv设置为r-reticulate只是为了双重确定。文档说我不应该这样做,但它不应该受到伤害:

> use_condaenv( "r-reticulate")

然后我尝试导入psycopg2

> psycopg2 <- import('psycopg2')
Error in py_module_import(module, convert = convert) : 
  ImportError: No module named psycopg2

如果我以同样的方式安装twisted,我会收到同样的错误:

> twisted <- import('twisted')
Error in py_module_import(module, convert = convert) : 
  ImportError: No module named twisted

那么,我在这里做错了什么?

以下是conda_listpy_config的输出...我期待py_config向我展示我r-reticulate环境中python exe的路径。但是我没有什么可以比较的,所以我的期望可能是错的。

> conda_list()
          name                                                                              python
1     Anaconda                     C:\\Users\\jal\\AppData\\Local\\Continuum\\Anaconda\\python.exe
2 r-reticulate C:\\Users\\jal\\AppData\\Local\\Continuum\\Anaconda\\envs\\r-reticulate\\python.exe

> py_config()
python:         C:\Users\jal\AppData\Local\CONTIN~1\Anaconda\python.exe
libpython:      C:/Users/jal/AppData/Local/CONTIN~1/Anaconda/python27.dll
pythonhome:     C:\Users\jal\AppData\Local\CONTIN~1\Anaconda
version:        2.7.15 |Anaconda custom (64-bit)| (default, May  1 2018, 18:37:09) [MSC v.1500 64 bit (AMD64)]
Architecture:   64bit
numpy:          C:\Users\jal\AppData\Local\CONTIN~1\Anaconda\lib\site-packages\numpy
numpy_version:  1.14.3
pandas:         C:\Users\jal\AppData\Local\CONTIN~1\Anaconda\lib\site-packages\pandas

python versions found: 
 C:\Users\jal\AppData\Local\CONTIN~1\Anaconda\python.exe
 C:\Users\jal\AppData\Local\CONTIN~1\ANACON~1\python.exe

3 个答案:

答案 0 :(得分:3)

我随心所欲地下载并安装了最新的RStudio桌面(1.2.701)并从1.1.442升级。这似乎解决了我的问题。包加载,我现在看到,当我运行py_config时,我看到的路径反映了我的环境选择,正如我所料。

> py_config()
python:         C:\Users\jal\AppData\Local\Continuum\Anaconda\envs\r-reticulate\python.exe
libpython:      C:/Users/jal/AppData/Local/Continuum/Anaconda/envs/r-reticulate/python36.dll
pythonhome:     C:\Users\jal\AppData\Local\CONTIN~1\Anaconda\envs\R-RETI~1
version:        3.6.5 |Anaconda, Inc.| (default, Mar 29 2018, 13:32:41) [MSC v.1900 64 bit (AMD64)]
Architecture:   64bit
numpy:          C:\Users\jal\AppData\Local\CONTIN~1\Anaconda\envs\R-RETI~1\lib\site-packages\numpy
numpy_version:  1.14.3
psycopg2:       C:\Users\jal\AppData\Local\CONTIN~1\Anaconda\envs\R-RETI~1\lib\site-packages\psycopg2

python versions found: 
 C:\Users\jal\AppData\Local\Continuum\Anaconda\envs\r-reticulate\python.exe
 C:\Users\jal\AppData\Local\CONTIN~1\Anaconda\python.exe
 C:\Users\jal\AppData\Local\CONTIN~1\ANACON~1\python.exe

答案 1 :(得分:0)

我通过以下方式解决了我的问题:

  • 关闭RStudio。
  • 打开终端并激活您所需的环境。
  • 通过$ open -na Rstudio
  • 运行RStudio

现在您有anac

答案 2 :(得分:0)

我在RStudio中通过以下方法解决了我的问题:

py_config() 找不到非系统安装的Python。 您要下载并安装Miniconda吗? Miniconda是用于Python的开源环境管理系统。 有关更多详细信息,请参见https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html

您要安装Miniconda吗? [Y / n]:是

  • 正在下载“ https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Windows-x86_64.exe” ... 尝试URL'https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Windows-x86_64.exe' 内容类型“应用程序/八位字节流”长度57256056字节(54.6 MB) 下载54.6 MB

  • 正在安装Miniconda-请稍等...