我正在尝试将MethylMix R包用于EPIC阵列和Affymetrix基因表达阵列。
我对甲基化数据输入有疑问。在文档中提到“这三个数据集中的每一个都是矩阵对象，行中的基因具有唯一的rownames” 在我的甲基化数据中，我有每个基因的许多甲基化位点。要运行MethylMix，您认为我应该采用与基因相关的所有甲基化的平均值，然后尝试运行MethylMix吗？
之前我已经用我的数据集创建了3个矩阵，其中甲基化数据行名称不是唯一的。但是运行MethylMix我收到一些错误消息。 （见下面的错误消息）。
ClusterProbes(metcancer_M_100K, metnormal_M_100K, CorThreshold = 0.4)
Removing 0 probes with SNPs.
Clustering 3968 probes in CpG site clusters.
Error in { :
task 1 failed - "length of 'dimnames' [1] not equal to array extent"
MethylMixResults <- MethylMix(metcancer_M_100K, gecancer_M, metnormal_M_100K)
Found 25 samples with both methylation and expression data.
Correlating methylation data with gene expression...
Error in { :
task 1 failed - "variable lengths differ (found for 'METcancer[Genes[i], ]')"