修改大量DICOM(.dcm)文件。

时间:2018-06-07 08:38:00

标签: python nested-lists dicom cv2

或许是一个简单的问题,但我没有取得进展,并希望得到帮助。

我有一个大小为422的列表。在索引0中,有.dcm图像的135个文件路径。例如'〜/ images / 0001.dcm','〜/ images / 0135.dcm'在索引1中,有112个图像路径,索引2有110等等。

所有图片大小均为512 x 512.我希望将它们重新调整为64 x 64。

这是我第一次使用图像和.dcm数据,所以我不确定如何调整大小。如果愿意的话,我也不确定如何访问和修改“内部”列表中的文件。

这样的事情是不是很明显?

IMG_PX_SIZE = 64 
result = []
for i in test_list:
    result_inner_list = []        
    for image in i:
    # resize all images at index position i and store in list
        new_img = cv2.resize(np.array(image.pixel_array (IMG_PX_SIZE,IMG_PX_SIZE))
        result_inner_list.append(new_img)
    # Once all images at index point i are modified, append them these to a master list.
    result.append(result_inner_list)

1 个答案:

答案 0 :(得分:1)

你似乎在努力解决两个问题:

  • 访问文件路径
  • 调整大小

为了获胜,最好将这两项任务分开,下面的示例代码

IMG_PX_SIZE = 64 

def resize(image):
    # your resize code here similar to:        
    # return v2.resize(np.array(image.pixel_array(IMG_PX_SIZE,IMG_PX_SIZE))
    pass

def read(path):
    # your file read operation here
    pass


big_list = [['~/images/0001.dcm','~/images/0135.dcm'],
            ['~/images/0002.dcm','~/images/0136.dcm']]

resized_images = [[resize(read(path)) for path in paths] for paths in big_list]