将系统变量插入SBATCH

Question

我想问你是否可以将全局系统变量传递给#SBATCH标签。

我想做那样的想法

SBATCH FILE

#!/bin/bash -l
ARG=64.dat
NODES=4
TASK_PER_NODE=8
NP=$((NODES*TASK_PER_NODE))

#SBATCH -J 'MPI'+'_'+$NODES+'_'+$TASK_PER_NODE
#SBATCH -N $NODES
#SBATCH --ntasks-per-node=$TASK_PER_NODE

这不是我的工作原因所以我问你。

Answer 1

请记住，SBATCH参数行被Bash视为评论，因此根本不会尝试解释它们。

此外，#SBATCH指令在任何其他Bash命令之前必须才能让Slurm处理它们。

替代方案包括在命令行中设置参数：

NODES=4 sbatch --nodes=$NODES ... submitscript.sh

或通过stdin传递提交脚本：

#!/bin/bash -l
ARG=64.dat
NODES=4
TASK_PER_NODE=8
NP=$((NODES*TASK_PER_NODE))

sbatch <<EOT
#SBATCH -J 'MPI'+'_'+$NODES+'_'+$TASK_PER_NODE
#SBATCH -N $NODES
#SBATCH --ntasks-per-node=$TASK_PER_NODE

srun ...

EOT

在后一种情况下，您需要运行提交脚本，而不是将其交给sbatch，因为它本身会运行sbatch。