在OSX上为R安装RForge版本的xts软件包时出错

时间:2011-02-22 01:31:27

标签: r xts

CRAN上最新版本的xts是0.7-5。但是我想尝试一下吸墨纸包装,其中xts> = 0.7.6.17是必需的。为了获得这个最新版本,我首先从RForge下载了.tgz文件并尝试:

[Downloads]$ R CMD INSTALL xts_0.7-6.17.tgz 
WARNING: ignoring environment value of R_HOME
* installing to library ‘/Library/Frameworks/R.framework/Resources/library’
* installing *binary* package ‘xts’ ...

* DONE (xts)

启动R控制台后,我输入了require(xts)并得到了这个:

> require(xts)
Loading required package: xts
Loading required package: zoo
Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : 
unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.12/Resources/library/xts/libs/x86_64/xts.so':
dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.12/Resources/library/xts/libs/x86_64/xts.so, 6): Library not loaded: /usr/local/lib/libgfortran.2.dylib
Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.12/Resources/library/xts/libs/x86_64/xts.so
Reason: image not found
In addition: Warning message:
package 'xts' was built under R version 2.12.2 

我通过下载该文件并再次运行来恢复到CRAN版本:

[Downloads]$ R CMD INSTALL xts_0.7-5.tgz 
WARNING: ignoring environment value of R_HOME
* installing to library ‘/Library/Frameworks/R.framework/Resources/library’
* installing *binary* package ‘xts’ ...

* DONE (xts)

打开R控制台并输入require(xts):

> require(xts)
Loading required package: xts
Loading required package: zoo
>

一切都很好,除了我需要RForge版本来安装吸墨纸。

注意:我正在运行OS X(10.6.6)

更新:一切都不顺利。现在我无法正确加载CRAN xts版本。

更新#2:我通过运行install.packages(“xts”,repo =“http://cran.r-project.org”)来恢复旧的xts。实际上,我也把它作为“quantmod”和“TTR”运行,因为所有形式的神秘破坏都在发生。

更新#3:根据Dirk在下面评论中的建议,我试图从OS X上的源代码编译并遇到了

make: gfortran: No such file or directory

所以从http://www.macresearch.org/xcode_gfortran_plugin_update的链接安装后,我现在面临一个抱怨-arch标志的新错误:

gfortran -arch i386   -fPIC  -g -O2 -c period.max.f -o period.max.o
f951: error: unrecognized command line option "-arch"

UPDATE#4:我在UPDATE#3中安装了错误的fortran编译器。不要将该编译器用于R包。

1 个答案:

答案 0 :(得分:4)

如果您在Mac OS X平台上使用R,那么了解从源代码安装的机制是很好的,因为Mac二进制文件有时很慢,无法进入存储库。 R生态系统是Ubuntu和SVN。有一天它可能会变成OS X和Git(我们可以希望,不是吗?)

在开始从源代码安装之前,您需要确保已安装Xcode。

http://developer.apple.com/technologies/tools/xcode.html

然后你需要一个fortran编译器,它没有Xcode。好消息是,对于R用户,OS X上有一个专门用于fortran编译器的地方。

http://r.research.att.com/tools/

一旦安装和配置正确,你需要从这里获得RForge的最新版xts :(感谢Dirk)

http://r-forge.r-project.org/src/contrib/xts_0.7-6.17.tar.gz

最后,只需在终端的命令行中运行以下命令:

[Downloads]$ R CMD INSTALL xts_0.7-6.17.tar.gz

注意:tar.gz是源文件的扩展名,而.tgz是Mac二进制文件的扩展名。