如何使用SLURM集群的远程分区连接/使用MySQL？

Question

我正在尝试使用Orthomcl，其中包括在Linux中使用MySQL。我可以访问大学范围内的群集，该群集设置了基本登录界面，用于非常小的命令（<5分钟，低内存）和多个远程分区，我只能通过SLURM进行交互。这些分区没有交互式命令。

我没有sudo权限，因此我安装了本地版本的MySQL，并且能够通过登录和其他侦听端口打开MySQL连接（这些都最终通过登录运行）。

我能够侥幸逃脱这一段时间，并且我已经将一个大表（~140GB）加载到我的orthomcl数据库中了。然而，当我开始集群并且夹具启动时，IT终于抓住了我！但他们没有时间帮我找到在任何其他分区上运行MySQL的方法......我需要在其他一个分区上运行我的资源密集型命令，但我不知道如何在没有直接命令行访问或使用SLURM语法的情况下执行此操作。

有什么想法吗？我只是一个笨手笨脚的生物学家。

Answer 1

如果有其他人在将来遇到此问题，我找到了解决方法。再一次，我笨手笨脚，所以我保证这不是最佳做法，但它对我有用。

首先，我将.cnf和.config文件中的端口更改为群集上的非登录侦听端口。

我使用批处理脚本在WSU上这个优秀资源的非登录分区上启动MySQL实例：https://hpc.wsu.edu/programmers-guide/running-databases/ 我无法获得orthomcl命令在这里运行，所以我只是在故障安全停止点后切断它。

  

sbatch start.sh

我得到了在slurm outfile中分配的分区节点的名称，然后我检查它是否在日志文件中打开并使用

  

srun --nodelist = nodename mysqladmin -S / path / to / special / socket -P port -u root status

然后我就可以像普通的那样访问和使用该分区

  

screen srun -p batchpartition --time = d-hh：mm：ss --nodelist = nodename orthomclLoadBlast orthomcl.config similarSequences.txt

OrthoMCL特定：确保您记得在orthomcl.config文件中更改您的端口！

希望有一天有人会得到一个更好的答案，但这可以解决这个问题。