Question

当我在python3.6中使用pydicom时，存在一些问题：

import pydicom
import matplotlib.pyplot as plt
import os
import pylab

filePath = "/Users/zhuangrui/Documents/Python/Dicom/dicoms/zhang_bo/0001.dcm"
dataSet_1 = pydicom.dcmread(filePath)
plt.imshow(dataSet_1.pixel_array)
plt.show()

here is the problem:

如何解决这个问题？非常感谢你！

Answer 1

在对上面建议的链接进行了一些研究之后，我遇到了同样的问题。我设法通过更新到最新的pydicom模块“ 1.2.0”并安装gdcm来解决该问题。您可以使用以下方式更新pydicom pip install -U git+https://github.com/pydicom/pydicom.git

您可以找到最新的gdcm here和this链接来说明安装。

我使用anaconda，安装gdcm软件包并解决问题更加容易。如果您使用水蟒只需从您的环境中输入： conda install pydicom --channel conda-forge获取pydicom的最新消息和

conda install -c conda-forge gdcm

获取gdcm。这样可以解决问题。希望这些会有所帮助。

Answer 2

使用pydicom，您还需要安装适当的图像处理程序来处理压缩的图像类型。

对于JPEG无损，理论上应该有以下工作：jpeg_ls，gdcm或带有jpeg插件的Pillow。所有这些还需要安装Numpy。请参阅https://github.com/pydicom/pydicom/issues/532上的讨论。

还有一个pull request正在为不同的图片添加更多描述性错误消息，以便为哪些图像处理程序添加。

Answer 3

问题：

我正在尝试读取扩展名为.dcm的医学图像。但是在Windows和Ubuntu上都出现了错误。我找到了一个可以在两个机器上都可以使用的解决方案。

我在Ubuntu上遇到的错误是：NotImplementedError：由于Pillow缺少jpeg 2000解码器插件，因此无法读取此传输语法JPEG 2000图像压缩（仅无损失）

（对于Windows，请注意，我遇到了另一个错误，但我确定是由于相同的问题，例如Pillow不支持JPEG 2000格式）

平台信息：

我正在使用：Python 3.6，Anaconda和Ubuntu，15 GB RAM

RAM很重要：

我应用的解决方案与上面说明的Ali相同。但我想添加此安装可能需要一些时间（取决于您使用的RAM）。在ubuntu上，我在Cloud平台上使用15 GB RAM的时间减少了，而在Windows上具有4 GB RAM的本地计算机上的时间减少了。

解决方案

Anaconda是必需的。为什么？ 请检查pydicom（https://pydicom.github.io/pydicom/dev/getting_started.html）的官方文档，其中提到“要与图像处理程序一起安装pydicom以处理压缩像素数据，我们建议您使用Miniconda或Anaconda”（对于Windows，请注意，我遇到了另一个错误）< / p>
如果您使用的是Ubuntu，请直接打开Terminal。如果您使用Windows，则在Anaconda Navigator上，从此处启动终端转到Environment。在其上执行以下命令：

pip install -U git+https://github.com/pydicom/pydicom.git

conda install pydicom --channel conda-forge

conda install -c conda-forge gdcm

交叉检查：

现在使用我们收到错误的.dcm文件。尝试在Python笔记本中使用以下代码

filename = 'FileName.dcm'
ds = pydicom.dcmread(filename)
plt.imshow(ds.pixel_array, cmap=plt.cm.bone)

它应该打印输出。也尝试以下代码：

ds.pixel_array

这将为您提供包含值的数组。

当读取DICOM并使用matplotlib进行绘图时，没有可用的图像处理程序可以解码此传输语法JPEG Lossless

3 个答案:

问题：

平台信息：

RAM很重要：

解决方案

交叉检查：