使用R

Question

ShortRead bioconductor库的qa（）函数从fastq文件生成质量统计信息。然后，report（）函数以html格式准备各种度量的报告。本网站上的一些其他问题建议使用IRdisplay的display_html（）函数在使用R（irkernel）的jupyter笔记本中显示html。但是，在尝试显示由ShortRead的report（）函数生成的html报告时，它只会引发错误。

library("ShortRead")
sample_dir <- system.file(package="ShortRead", "extdata", "E-MTAB-1147") # A sample fastq file
qa_object <- qa(sample_dir, "*fastq.gz$")
qa_report <- report(qa_object, dest="test") # Makes a "test" directory containing 'image/', 'index.html' and 'QA.css'
library("IRdisplay")
display_html(file = "test/index.html")

给我：

Error in read(file, size): unused argument (size)
Traceback:

1. display_html(file = "test/index.html")
2. display_raw("text/html", FALSE, data, file, isolate_full_html(list(`text/html` = data)))
3. prepare_content(isbinary, data, file)
4. read_all(file, isbinary)

是否有另一种方法可以在jupyter中用R？

显示此报告

Answer 1

看起来代码中存在一个错误。快速解决方法是克隆github repo，并对./IRdisplay/R/utils.r进行以下编辑，然后在第38行更改以下行：

read(file,size)

到

read(size)

保存文件，切换到父目录，然后创建一个新的tarbal，例如

tar -zcf IRdisplay.tgz IRdisplay/

然后重新安装新版本，例如重新启动R后，键入：

install.packages( "IRdisplay.tgz", repo=NULL )