源无法在shell脚本中工作

Question

我们在Linux服务器上运行，我需要在anaconda中运行R脚本。

如何通过shell脚本使用anaconda环境。

通过命令行：

$  source anaconda 
$  Rscript <file.R>

工作正常。

如果anaconda已经使用以下.sh工作正常：

#!/bin/bash
PATH=$PATH:/usr/local/bin/anaconda
echo Rscript ./name.R

是否有以下版本：

#!/bin/bash
PATH=$PATH:/usr/local/bin
echo source anaconda; Rscript ./name.R

那会打开anconda并运行脚本吗？

我的蟒蛇位于./anaconda内。 我已经尝试将其设置为我的初始路径。

谢谢！

Answer 1

我们缺少的是anaconda文件的内容。我认为它会将Rscript命令创建为别名，因为默认情况下，shell不会扩展别名，除非shell是交互式的。例如：

互动，一切都很好

$ cat > anaconda
alias Rscript='echo this is Rscript:'
$ source ./anaconda
$ Rscript foo bar
this is Rscript: foo bar

但在脚本中，我可以重现您的错误

$ cat > test.sh
#!/bin/bash
source ./anaconda
Rscript foo bar
$ bash test.sh
test.sh: line 3: Rscript: command not found

强制bash互动：

$ bash -i test.sh
this is Rscript: foo bar

试试这个：

#!/bin/bash
shopt -s expand_aliases
source /path/to/anaconda
Rscript ./name.R