Question

我有一个R包，它使用 Rcpp 来执行某些内部功能。这些函数不会导出以供用户直接访问（请参阅rcpptest存储库中的最低可重现性示例）。

我现在正在尝试将 Stan 代码添加到安装软件包时要编译的src/目录中（rcppstan存储库中的可重现示例）。但是，当我修改包以使用Stan时，我在R CMD CHECK中收到以下错误：

#> ❯ checking R code for possible problems ... NOTE
#>   meanC: no visible binding for global variable ‘_rcppstan_meanC’
#>   Undefined global functions or variables:
#>     _rcppstan_meanC

事实上，当我尝试调用使用meanC函数的R函数时，我收到错误Error in meanC(x) : object '_rcppstan_meanC' not found。

据我所知，当我修改包以使用 rstan 时，这就是正在发生的变化，因此可能是原因。

仅使用 Rcpp 时，以下内容属于src/RcppExports.cpp：

static const R_CallMethodDef CallEntries[] = {
    {"_rcpptest_timesTwo", (DL_FUNC) &_rcpptest_timesTwo, 1},
    {NULL, NULL, 0}
};

RcppExport void R_init_rcpptest(DllInfo *dll) {
    R_registerRoutines(dll, NULL, CallEntries, NULL, NULL);
    R_useDynamicSymbols(dll, FALSE);
}

合并 Stan 时，src/RcppExports.cpp文件中不再生成该代码。相反，它似乎是由 rstantools 包创建的src/init.cpp文件处理。该文件中的相关块位于：

static const R_CallMethodDef CallEntries[] = {
  {NULL, NULL, 0}
};

void attribute_visible R_init_rcppstan(DllInfo *dll) {
  // next line is necessary to avoid a NOTE from R CMD check
  R_registerRoutines(dll, NULL, CallEntries, NULL, NULL);
  R_useDynamicSymbols(dll, TRUE); // necessary for .onLoad() to work
}

为什么src/init.cpp中的代码使 Rcpp 函数未定义？相反，有没有办法编辑src/init.cpp，以便 Stan 模型能够正确编译和访问，同时仍允许定义 Rcpp 函数？

Answer 1

init.cpp注册方法，Makevars禁止编译cpp文件。通过Makevars（和Makevars.win）中的以下更改，我得到了编译：

diff --git a/src/Makevars b/src/Makevars
index 7aedc5b..3ea312e 100644
--- a/src/Makevars
+++ b/src/Makevars
@@ -1,8 +1,9 @@
 STANHEADERS_SRC = `"$(R_HOME)/bin$(R_ARCH_BIN)/Rscript" --vanilla -e "cat(system.file('include', 'src', package = 'StanHeaders'))"`
 PKG_CPPFLAGS = -I"../inst/include" -I"$(STANHEADERS_SRC)" -DBOOST_RESULT_OF_USE_TR1 -DBOOST_NO_DECLTYPE -DBOOST_DISABLE_ASSERTS -DEIGEN_NO_DEBUG -DBOOST_MATH_OVERFLOW_ERROR_POLICY=errno_on_error

-SOURCES = $(wildcard stan_files/*.stan)
-OBJECTS = $(SOURCES:.stan=.o) init.o
+CPP_SOURCES = $(wildcard *.cpp)
+STAN_SOURCES = $(wildcard stan_files/*.stan)
+OBJECTS = $(STAN_SOURCES:.stan=.o) $(CPP_SOURCES:.cpp=.o)

 all: $(SHLIB)
                @if test -e "/usr/bin/install_name_tool" && test -e "/usr/local/clang4/lib/libc++.1.dylib" && test -e "/usr/lib/libc++.1.dylib"; then /usr/bin/install_name_tool -change /usr/local/clang4/lib/libc++.1.dylib /usr/lib/libc++.1.dylib $(SHLIB); fi

调用Rcpp::compileAttributes()后，方法注册再次出现在RcppExports.cpp中。当我尝试R CMD INSTALL时，我收到了来自.onLoad()的错误，c.f。 https://github.com/stan-dev/rstanarm/issues/190。使用那里的解决方法，即R CMD INSTALL --preclean首先解决了问题，但不可靠。为我解决问题的是改变

R_useDynamicSymbols(dll, FALSE);

到

R_useDynamicSymbols(dll, TRUE);

RcppExports.cpp中的

。这当然是有问题的，因为该文件可能被覆盖，特别是在使用RStudio / devtools时。一个相当hacky的解决方案是添加

RcppExports.o: patch

patch:
        sed -i 's/R_useDynamicSymbols(dll, FALSE)/R_useDynamicSymbols(dll, TRUE)/' RcppExports.cpp

.phony: all clean patch

Makevars(.win)中的

。但最终问题似乎是在包安装期间在src的子目录中生成了Rcpp模块的C ++代码。因此Rcpp::compileAttributes()不能在已注册方法列表中包含相应的方法。我没有看到一个很好的解决方案。现在，软件包构建，检查并安装两个NOTE：

N  checking installed package size
   installed size is  7.8Mb
   sub-directories of 1Mb or more:
     libs   7.7Mb
N  checking for GNU extensions in Makefiles
   GNU make is a SystemRequirements.

与Stan

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