Question

我的简单MPI程序出现了奇怪的行为。我自己花时间找到答案，但我不能。我在这里提出了一些问题，例如OpenMPI MPI_Barrier problems，MPI_SEND stops working after MPI_BARRIER，Using MPI_Bcast for MPI communication。我在mpitutorial上的红色MPI教程。我的程序只修改从根进程广播的数组，然后将修改后的数组收集到一个数组并打印它们。所以，问题是，当我使用下面列出的代码和未注释的MPI_Barrier（MPI_COMM_WORLD）时，我收到错误。

#include "mpi/mpi.h"
#define N 4

void transform_row(int* row, const int k) {
  for (int i = 0; i < N; ++i) {
    row[i] *= k;
  }
}
const int root = 0;


int main(int argc, char** argv) {
  MPI_Init(&argc, &argv);
  int rank, ranksize;
  MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &rank);
  MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &ranksize);
  if (rank == root) {
    int* arr = new int[N];
    for (int i = 0; i < N; ++i) {
      arr[i] = i * i + 1;
    }
    MPI_Bcast(arr, N, MPI_INT, root, MPI_COMM_WORLD);
  }
  int* arr = new int[N];
  MPI_Bcast(arr, N, MPI_INT, root, MPI_COMM_WORLD);
  //MPI_Barrier(MPI_COMM_WORLD);
  transform_row(arr, rank * 100);
  int* transformed = new int[N * ranksize];
  MPI_Gather(arr, N, MPI_INT, transformed, N, MPI_INT, root, MPI_COMM_WORLD);
  if (rank == root) {
    for (int i = 0; i < ranksize; ++i) {
      for (int j = 0; j < N ; j++) {
        printf("%i ", transformed[i * N + j]);
      }
      printf("\n");
    }
  }
  MPI_Finalize();
  return 0;
}

错误来自线程数＆gt; 1.错误：

PMPI_Barrier中的致命错误：消息被截断，错误堆栈： PMPI_Barrier（425）...................：MPI_Barrier（MPI_COMM_WORLD）失败

MPIR_Barrier_impl（332）..............：集体失败

MPIR_Barrier_impl（327）..............：

MPIR_Barrier（292）...................：

MPIR_Barrier_intra（150）.............：

barrier_smp_intra（111）..............：

MPIR_Bcast_impl（1452）...............：

MPIR_Bcast（1476）....................：

MPIR_Bcast_intra（1287）..............：

MPIR_Bcast_binomial（239）............：

MPIC_Recv（353）......................：

MPIDI_CH3U_Request_unpack_uebuf（568）：消息被截断;收到16个字节但缓冲区大小为1

我理解缓冲区存在一些问题，但是当我使用MPI_buffer_attach将大缓冲区附加到MPI时，它没有帮助。

似乎我需要增加这个缓冲区，但我现在不知道怎么做。

XXXXXX @ XXXXXXXXX：〜/ test_mpi $ mpirun --version

HYDRA构建细节：

Version:                                 3.2

Release Date:                            Wed Nov 11 22:06:48 CST 2015

请帮助我。

Answer 1

一个问题是MPI_Bcast()被root排名调用两次，但其他排名只调用一次。然后root排名使用未初始化的arr。

MPI_Barrier()可能只会隐藏问题，但无法解决问题。

此外，请注意，如果N足够大＆＃34;，则MPI_Bcast()排名调用的第二个root可能会挂起。

以下是修改初始/广播阶段以解决这些问题的方法。

int* arr = new int[N];
if (rank == root) {
    for (int i = 0; i < N; ++i) {
        arr[i] = i * i + 1;
    }
MPI_Bcast(arr, N, MPI_INT, root, MPI_COMM_WORLD);

请注意，在这种情况下，您只需在所有等级上初始化arr，这样您甚至不需要广播数组。

作为附注，MPI程序通常

#include <mpi.h>

然后使用mpicc进行编译/链接（这是一个在设置include / library路径并使用MPI库后调用真实编译器的包装器）

使用MPI屏障会导致致命错误

1 个答案: