我正在使用下面给出的命令将我的fastq文件拆分为两个单独的配对结束读取文件：
grep '@.*/1' -A 3 24538_7#2.fq >24538_7#2_1.fq
grep '@.*/2' -A 3 24538_7#2.fq >24538_7#2_2.fq
但它会在条目之间自动引入--行分隔符。因此，使我的fastq文件不适合进一步处理（因为它然后变成无效的fastq格式）。
所以，我想摆脱行分隔符（--）。
PS：我找到了Linux机器的答案，但我使用的是MacOS，而那些在Mac终端上无效。
答案 0 :(得分：1)
您可以使用--no-group-separator选项来禁止它（在GNU grep中）。
或者，您可以使用（GNU）sed：
sed '\|@.*/1|,+3!d'
删除除匹配@.*/1和接下来的三行之外的所有行。
对于macOS sed，您可以使用
sed -n '\|@.*/1|{N;N;N;p;}'
但是对于更多的上下文行，这会很快变得笨拙。
答案 1 :(得分：0)
另一种方法是将grep与自身链接：
grep '@.*/1' -A 3 file.fq | grep -v "^--"
第二个grep选择以-v开头的不匹配（--）行（尽管这种模式有时可以解释为命令行选项，需要一些奇怪的转义，例如"[-][-]" ，这就是为什么我将^放在这里）的原因。