从字符串生成重叠的gapped-kmer

Question

我有一个像HDHDJDUEUEUD这样的字符串，我想用给定的k和m（两者之间的最大间隙数）来制作所有间隙的kmers。

例如，当k = 3且m = 2时，我们有两个长度为3的子序列，由长度为0,1或2的间隙（可以表示为句点）分隔，如下所示：

HDHDJD，HDH.JDU，HDH..DUE，DHDJDU等

如何以有效的方式完成？我有一个超过100万个序列的列表来执行此操作。

谢谢！