扫描时R错误!!项目过多

时间:2018-05-29 07:36:40

标签: r package

我正在使用R

rehh

我必须从函数 data2haplohh 创建一个类haplohh的对象:

test<-data2haplohh(hap_file="test.hap", map_file="test.map.inp", haplotype.in.columns=TRUE)
Map file seems OK: 1054416  SNPs declared for chromosome 1

Haplotype are in columns with no header

Error in scan(hap_file, what = "character", quiet = TRUE) :
  too many items

因此* .hap文件有1054416行和5008列(大约10 GB大小),* .map.inp文件有1054416行和5列(15 MB大小)。 我的系统工作RAM内存为64 GB,8TB是存储空间

我可以选择切碎文件,但在这种情况下,它会在我的计算中产生错误。所以我需要整个加载输入文件。

任何建议将不胜感激。 感谢

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