我正在使用R
的 rehh 包我必须从函数 data2haplohh 创建一个类haplohh的对象:
test<-data2haplohh(hap_file="test.hap", map_file="test.map.inp", haplotype.in.columns=TRUE)
Map file seems OK: 1054416 SNPs declared for chromosome 1
Haplotype are in columns with no header
Error in scan(hap_file, what = "character", quiet = TRUE) :
too many items
因此* .hap文件有1054416行和5008列(大约10 GB大小),* .map.inp文件有1054416行和5列(15 MB大小)。 我的系统工作RAM内存为64 GB,8TB是存储空间
我可以选择切碎文件,但在这种情况下,它会在我的计算中产生错误。所以我需要整个加载输入文件。
任何建议将不胜感激。 感谢