Question

如果数据是

，我应该怎么做才能计算参数中字符出现的百分比

t<-c(UUU,UUC,UUA,UUG,CUU,CUC,CUA,CUG,AUU,AUC,AUA,AUG,GUU,GUC,GUA,GUG,UCU,UCC,UCA,UCG,CCU,CCC,CCA,CCG,ACU,ACC,ACA,ACG,GCU,GCC,GCA,GCG,UAU,UAC,UAA,UAG,CAU,CAC,CAA,CAG,AAU,AAC,AAA,AAG,GAU,GAC,GAA,GAG,UGU,UGC,UGA,UGG,CGU,CGC,CGA,CGG,AGU,AGC,AGA,AGG,GGU,GGC,GGA,GGG)

我想对此做一个函数，这可能有助于我将来计算更多问题。

假设我们的论点是 -

(UUUUUCUUAUUGCUUCUCCUACUGAUUAUCAUAAUGGUUGUCGUAGUGUCUUCCUCAUCGCCUCCCCCACCGACUACCACAACGGCUGCCGCAGCGUAUUACUAAUAGCAUCACCAACAGAAUAACAAAAAGGAUGACGAAGAGUGUUGCUGAUGGCGUCGCCGACGGAGUAGCAGAAGAGGUGGCGGAGGG)

另外，阅读框会在起始位置开始，分别以3的数量分开（例如-UG，GUG）我得到了这个代码，但是我希望我的答案以列表的形式包含两个名为count和percentage的列，请帮我修改这段代码以按要求的方式给出百分比。

    seqn <- c("UUA","AUC","GUA", "UUA", "GAU", "UUA") #your sequence
l_seq <- length(seqn) 
u_seq <- unique(seqn) 
seq_long <- "UUUAUGGGCG"
seqn <- unlist(str_extract_all(seq_long, pattern = "[AUGC]{3}"))

colSums(sapply(u_seq, function(s) str_count(string = seqn,pattern = s)))/l_seq

帮我纠正这段代码我希望我的论点像UGCUGCUAUGAAUGAUG一样持续

Answer 1

这可能对您有用：

require(stringr)
bases <- c("U","A","G","C")
sapply(bases, function(b) str_count(string = c("UUA","AUC","GUA"),pattern = b))

     U A G C
[1,] 2 1 0 0
[2,] 1 1 0 1
[3,] 1 1 1 0

编辑：基础遗传学

EDIT2：根据您的评论，这可能有效

seqn <- c("UUA","AUC","GUA", "UUA", "GAU", "UUA") #your sequence
l_seq <- length(seqn) #length of sequence
u_seq <- unique(seqn) #unique codons

# This calculates the fractions of the unique codons in your sequence
colSums(sapply(u_seq, function(s) str_count(string = seqn,pattern = s)))/l_seq

      UUA       AUC       GUA       GAU 
0.5000000 0.1666667 0.1666667 0.1666667

EDIT3：根据你的第二个问题，你可以将你的字符串分成3个字母的密码子，如下所示：

seq_long <- "UUUAUGGGCG"
seqn <- unlist(str_extract_all(seq_long, pattern = "[AUGC]{3}"))

并运行EDIT2中的代码。如果您的序列不是3的倍数，您将丢失最后的字母。你可以用一些填充来解决这个问题。

如何在参数中找到字符出现的百分比？

1 个答案: