rmarkdown中的python(网状)

时间:2018-05-28 08:26:34

标签: python r r-markdown reticulate

我正在尝试在rmarkdown文档中添加一个python块。我安装了包网状,然后这是我的文件:

```{r, message=FALSE, warning=FALSE, echo = FALSE}
  library(reticulate)
```

```{python, echo = FALSE, eval = FALSE}
a=1
a
#import numpy as np
#import matplotlib.pyplot as plt

## evenly sampled time at 200ms intervals
#t = np.arange(0., 5., 0.2)

## red dashes, blue squares and green triangles
#plt.plot(t, t, 'r--', t, t**2, 'bs', t, t**3, 'g^')
#plt.show()
```

但是在编织文档时我遇到了这个错误:(注意运行第二个块时发生错误)

label: unnamed-chunk-1 (with options) 
List of 3
 $ message: logi FALSE
 $ warning: logi FALSE
 $ echo   : logi FALSE


  |                                                                       
  |....                                                             |   6%
  ordinary text without R code


  |                                                                       
  |......                                                           |   9%
label: unnamed-chunk-2 (with options) 
List of 3
 $ echo  : logi FALSE
 $ eval  : logi FALSE
 $ engine: chr "python"

Error in py_module_import(module, convert = convert) : 
  ModuleNotFoundError: No module named 'rpytools'
Calls: <Anonymous> ... remap_output_streams -> import -> py_module_import -> .Call

同时补充说我在https://github.com/rstudio/reticulate上找不到任何相关信息 和 https://rstudio.github.io/reticulate/articles/r_markdown.html

我有1.20的knitr版本,高于1.18,因此引擎配置应该是自动的。

1 个答案:

答案 0 :(得分:0)

这可能是由于使用低于1.2的RStudio版本引起的。在reticulate页面上,它是隐藏的,但实际上仅在RStudio 1.2版及更高版本中支持导入Python包和运行Python块的某些方面,也就是说,当前版本不支持此功能。 RStudio稳定版本,但您必须单独下载和安装预览。

Here's what they write在小插图中:

  

请注意,RStudio v1.2 preview release支持使用Rticulate在R Notebooks中执行Python块。有关其他详细信息,请参见RStudio IDE Tools for reticulate文章。

可能是因为这样,当在RStudio 1.1.53中运行代码时,我像您一样遇到“ ModuleNotFound”错误,并且它们阻止了编织。

在RStudio 1.2.1139预览版中运行它时,一切都应该如此:

Reticulate 1.10 REPL -- A Python interpreter in R.
>>> a=1
>>> a
1
>>> import numpy as np
>>> import matplotlib.pyplot as plt
>>> 
>>> ## evenly sampled time at 200ms intervals
>>> t = np.arange(0., 5., 0.2)
>>> 
>>> ## red dashes, blue squares and green triangles
>>> plt.plot(t, t, 'r--', t, t**2, 'bs', t, t**3, 'g^')
[<matplotlib.lines.Line2D object at 0x000000001C2EDBE0>, <matplotlib.lines.Line2D object at 0x000000001DA99978>, <matplotlib.lines.Line2D object at 0x000000001DA99D30>]
>>> plt.show()
>>> plt.savefig("test.png")
>>> 

test.png