Question

我在python中根据列表中的值创建了一些csv，如下所示：

each_seg = ['seg1','seg2','seg3']
df_final.to_csv(str("""final_data_""" + """%s""" + """.csv""") %each_seg,index = False)

还有一个用于特征选择的R程序如下：

df_seg = read.csv("final_data_seg1.csv") # Read in the csv created in python.

print(paste0("############ ",Sys.time()," Start of mRMR"," ##################"))

rmRMRe <- function(df_seg,noOfFeatures = 80){

  data <- df_seg

  remove(df_seg)
  # ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
  # Convert to mRMR.Data type
  # ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

  data <- data[, sapply(data, class) != "logical"]
  data <- data[, !(names(data)) %in% c("X")]
  data_slice <- data
  data_slice[] <- lapply(data, function(x) as.numeric(x))
  target_idx = which(names(data)=="status")
  dd <- mRMR.data(data = (data_slice))
  rm(list = c('data','data_slice'))


  # ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
  # Convert to mRMR.Data type
  # ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
  results <- mRMR.classic("mRMRe.Filter", data = dd, target_indices = target_idx,feature_count = 80)
  feature_indices <- solutions(results)
  feature_indices <- feature_indices[[1]][1:80]
  feature_seg <- data.frame('scores' = results@scores,'features' = dd@feature_names[feature_indices])

  return (feature_seg)
}

feature_scores = rmRMRe(df_seg,80)

目前我首先在python中创建所有csv，然后在每个seg中更改R中的文件名并运行特征选择方法。但是，我想从python调用R脚本，文件名作为参数，并为每个seg生成结果。我在cmd中使用RScript运行R脚本，但是想从python自动调用R。下面是存储在csv中并在R：

中调用的数据样本

geo_CT  geo_LI  geo_NS
0       0       0
0       1       0
0       0       1
0       0       1
0       0       1
0       1       0

有人可以帮帮我吗？

由于我的问题被标记为重复：

所有其他答案都提到传递命令，而我需要传递filename作为参数。我看不到一个引用相同问题的答案。不知道为什么它被标记为重复。我可能错了。

我尝试过以下操作：

output_name = 'mrmr_R'
script_filename = 'mrmr_server.R'
param_filename = 'final_data_seg1.csv'# % input data csv name
result_filename = '%s_out.txt' % output_name 
with open(result_filename, 'wb') as result:
   process = subprocess.Popen(['Rscript', script_filename, param_filename],stdout=subprocess.PIPE)
        process.wait()

但这会生成一个空文件。请帮助。

使用文件名作为参数从python调用R脚本

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