Question

我一直在使用Rcpp和RcppEigen软件包进行一些矩阵计算，并注意到如果要返回到R的矩阵的长度超过.Machine$integer.max，则会产生错误。这是一个可重复的例子：

test_rcpp.cpp

// [[Rcpp::depends(RcppEigen)]]

#include <RcppEigen.h>

using namespace Rcpp;

// [[Rcpp::export]]
SEXP testM(const Eigen::Map<Eigen::MatrixXd> A) {
    Eigen::MatrixXd C = A * A.transpose();
    return List::create(Rcpp::Named("first") = C.block(0,0,C.rows()/2,C.cols()),
                      Rcpp::Named("second") = C.block(C.rows()/2,0,C.rows()/2+1,C.cols()));
}

// [[Rcpp::export]]
SEXP testM2(const Eigen::Map<Eigen::MatrixXd> A) {
    Eigen::MatrixXd C = A * A.transpose();
    return wrap(C);
}

test_rcpp.R

library(Rcpp)

sourceCpp("./test_rcpp.cpp")

A <- matrix(rep(1, ceiling(sqrt((.Machine$integer.max)))), nrow=ceiling(sqrt(.Machine$integer.max)))

tm <- do.call(rbind, testM(A))

tm2 <- testM2(A)

正在运行testM2(A)会返回错误Error in testM2(A) : negative length vectors are not allowed。目前，testM(A)是我的解决方法，它将矩阵分成两半并返回两半的列表。

这是预期的行为吗？如果是这样，还有其他解决方法吗？

此link有一些信息，但并没有帮我具体解决这个问题。类似的post表明当矩阵的维数超过2 ^ 31时会遇到问题。在这种情况下，返回的矩阵I具有维度c(46341, 46341)，远低于对矩阵索引施加的2 ^ 31限制，并且包含2147488281个元素，远低于{{1}的2 ^ 52限制}向量。

long信息的子集：

sessionInfo()

注意：我在R版本3.4.2上遇到了同样的问题。

Answer 1

这是当前RcppEigen实现的限制。例如：

// [[Rcpp::depends(RcppEigen)]]    
#include <RcppEigen.h>

// [[Rcpp::export]]
void get_length_rcpp(Rcpp::IntegerMatrix m){
  Rcpp::Rcout << m.nrow() << ' ' << m.ncol() << ' ' 
              << (m.nrow() * m.ncol()) << ' ' << m.size(); 
}

// [[Rcpp::export]]
void get_length_eigen(Eigen::Map<Eigen::MatrixXi> m){
  Rcpp::Rcout << m.rows() << ' ' << m.cols() << ' ' 
              << (m.rows() * m.cols()) << ' ' << m.size(); 
}

/*** R
N <- 5e4
A <- matrix(1L, ncol = N, nrow = N)
get_length_rcpp(A)
get_length_eigen(A)
*/

输出：

> N <- 50000

> A <- matrix(1, ncol = N, nrow = N)

> get_length_rcpp(A)
50000 50000 -1794967296 2500000000
> get_length_eigen(A)
Error in get_length_eigen(A) : 
  long vectors not supported yet: ../../src/include/Rinlinedfuns.h:519
Calls: <Anonymous> ... withVisible -> eval -> eval -> get_length_eigen -> .Call
Execution halted

我已经在github上打开了issue和pull request。

RcppEigen不能将矩阵返回到R超过2 ^ 31个元素

1 个答案: