Question

我们正在运行一个大型的MATLAB程序。大约24小时的计算后，它会因“内存不足”错误而停止。

在此错误发生前不久，进程状态非常稳定，该进程在12 Gb RAM机器上使用大约3 Gb并具有32 Gb交换。我们没有理由相信这个过程应该有很大的不同，它是在类似过程的迭代3中，前三次迭代导致VmPeak为2.7 Gb。使用MATLAB r2013a，使用-nojvm选项在没有GUI的情况下运行该过程。错误发生在两台不同的计算机上。根据确切的参数化，错误发生在程序的不同位置。

我的问题是：在MATLAB / Linux / 64位中是否有另外的资源而不是普通的RAM可以链接到Out of Memory消息？是否与内存碎片有关，我们如何衡量当前的内存碎片级别？

Matlab错误：

CATCH in vsProcessVideosetByFrame.Error using cat
Out of memory. Type HELP MEMORY for your options.

Error in ttClassDetections/horzcat (line 170)
            output.data.(fn{j}) = cat(2,temp{:});

在内存不足消息崩溃之前不久处理状态：

schuttek@pc-07843:~$ cat /proc/14123/status
Name:   MATLAB
State:  S (sleeping)
Tgid:   14123
Ngid:   0
Pid:    14123
PPid:   1
TracerPid:      0
Uid:    8793    8793    8793    8793
Gid:    100     100     100     100
FDSize: 256
Groups: 4 24 27 30 46 100 108 124 501
NStgid: 14123
NSpid:  14123
NSpgid: 14123
NSsid:  11423
VmPeak:  2744640 kB
VmSize:  2613568 kB
VmLck:         0 kB
VmPin:         0 kB
VmHWM:   1045376 kB
VmRSS:   1025692 kB
VmData:  2095720 kB
VmStk:       132 kB
VmExe:        12 kB
VmLib:    179980 kB
VmPTE:      2920 kB
VmPMD:        24 kB
VmSwap:        0 kB
HugetlbPages:          0 kB
Threads:        18
SigQ:   1/64005
SigPnd: 0000000000000000
ShdPnd: 0000000000000000
SigBlk: 0000000008080006
SigIgn: 0000000000000001
SigCgt: 00000001880804ee
CapInh: 0000000000000000
CapPrm: 0000000000000000
CapEff: 0000000000000000
CapBnd: 0000003fffffffff
CapAmb: 0000000000000000
Seccomp:        0
Cpus_allowed:   ffffffff
Cpus_allowed_list:      0-31
Mems_allowed:   00000000,00000001
Mems_allowed_list:      0
voluntary_ctxt_switches:        37
nonvoluntary_ctxt_switches:     5

Answer 1

由于这可能不是OOM杀手（因为dmesg | grep kill为空），所以错误应该是MATLAB内部的。

一个可能的原因确实是内存碎片化;至少有些MATLAB例程似乎要求显式连续的内存区域，你可能会用完。这可以通过pack - 一个协调内存的MATLAB函数来缓解。

这是文档页面。请务必注意大于2GB的变量警告！

https://www.mathworks.com/help/matlab/ref/pack.html

Answer 2

到目前为止，在Windows 10 64位系统上运行似乎解决了我们的问题。

MATLAB Linux内存不足错误

2 个答案: