Question

如果对这个问题有明显的答案，那么我对R来说相对较新，因此道歉。

基本上，我是通过FT-IR一式两份地分析样品。每个读数的数据都以单独的.csv文件形式给出。 csv文件有两列（波长和吸光度），由于波长不同，大约有3500行。由于测量是重复进行的，因此有30个单独的.csv文件（分析的15个样本中的每个2个），称为＆＃34; 1.csv＆＃34;，＆＃34; 2.csv＆＃34; ......＆＃34; 30.csv＆＃34;。＆＃34; 1.csv＆＃34;和＆＃34; 2.csv＆＃34;都是样本1的重复，＆＃34; 3.csv＆＃34;和＆＃34; 4.csv＆＃34;样品2等等。

我需要使用ChemoSpec包中每个重复的平均吸光度值。我显然可以在Excel中进行计算，但是如果我有更多的样本需要分析，这将是非常耗时的。有没有办法在R中计算这些方法？

这是一个简化的可重复示例，其中csv1和csv2都是样本样本的重复：

wavelength <- c(500, 550, 600)
absorbance <- c(2, 4, 3)

csv1 <- data.frame(wavelength, absorbance)
csv2 <- data.frame(wavelength, absorbance)

mean <- (csv1+csv2)/2

我认为我需要将csv文件读入R，然后以与上述类似的方式计算每个样本的平均值，但是我不知道该怎么做。

感谢。

Answer 1

假设您已在csv文件中命名了列，您通常会执行类似

的操作

file_names <- list.files(pattern = ".csv")
all_data <- lapply(file_names, read.csv, header = TRUE)

将所有csv文件读取到列表中。然后，如果你只对吸光度感兴趣，你可以做

all_data_abs <- sapply(all_data, function(df) df$absorbance)
all_data_abs <- as.data.frame(t(all_data_abs))

但这假设每个文件的行数相同。是这样的吗？使用

定义复制组

no_replicates <- 2
all_data_abs$grps <- rep(1:(nrow(all_data_abs)/no_replicates), 
each = no_replicates)

并使用ddlyr中的summarize_all到每组的计算平均值：

library(dplyr)
all_data_abs %>% group_by(grps) %>% summarize_all(mean)

但是如果没有能够看到原始文件那就有点猜测

R - 在使用ChemoSpec软件包之前，计算单独数据集中重复数据的平均值

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