Question

我想通过python执行这个shell命令，我尝试使用

shell="ls *R1.fastq.gz|while read a; do b=${a%R1.fastq.gz}R2.fastq.gz; c=${a%R1.fastq.gz}R1.out.fq; d=${a%R1.fastq.gz}R2.out.fq; e=${a%R1.fastq.gz}.s.fq; echo "sickle pe -t sanger -f $a -r $b -o $c -p $d -s $e"; done >SICKLE.sh"

system.os(shell)

但是得到SythaxError: InvalidSyntax我做了一些研究，也许我应该使用subprocces？但我对此很新，我们可以帮助我吗？

Answer 1

escape 引号（在字符串中的引号前添加\）

shell="*R1.fastq.gz|while read a; do b=${a%R1.fastq.gz}R2.fastq.gz; c=${a%R1.fastq.gz}R1.out.fq; d=${a%R1.fastq.gz}R2.out.fq; e=${a%R1.fastq.gz}.s.fq; echo \"sickle pe -t sanger -f $a -r $b -o $c -p $d -s $e\"; done >SICKLE.sh"

<强> subprocess.call ：

import subprocess
subprocess.call(["ls", shell])

Python3我应该如何执行这个复杂的shell命令

1 个答案: