Question

如果你有一个由fasta文件填充的文件夹，例如：

，你知道是否可以

seq1.fa
seq2.fa
seq3.fa
seq4.fa
seq5.fa
seq6.fa
seq7.fa
...
seq1000.fa

并且仅保留或移动到新文件夹中的数据帧中存在的序列，例如：

seq_names
seq1
seq3
seq8
seq89

那只用python吗？

然后新文件夹：

seq1.fa
seq3.fa
seq8.fa
seq89.fa

谢谢你的帮助:)

Answer 1

使用os.listdir()
将文件基数与set匹配（从数据框或其他内容中提取）以进行快速查找
如果匹配则移动/删除

像这样：

import os,shutil

matches = {"seq1","seq3","seq8","seq89"}
for filename in os.listdir(directory):
    if os.path.splitext(filename)[0] in matches:
       # move
       shutil.move(os.path.join(filename,directory),new_directory)
       # or just copy:
       # shutil.copy(os.path.join(filename,directory),new_directory)

只删除其他文件：

    if not os.path.splitext(filename)[0] in matches:
       # remove
       os.remove(os.path.join(filename,directory),new_directory)

根据python列表中的出现位置移动文件

1 个答案: