为了解决微分方程,我使用R中的Rcpp包和C ++中的boost包。我用C ++创建了eq函数,它将R函数mod_cpp转换为" C ++函数" (见下文)。接下来将eq函数作为参数放在integrate_const函数中。最后,我可以用Rcpp在R中编译它,我得到一个名为my_fun的R函数,它只依赖于向量而不是一切正常。
// [[Rcpp::export]]
void my_fun22(Rcpp::NumericVector &x, const double t){
Function f("mod_cpp");
x=f(_["t"]=t,_["x"]=x);
}
Rcpp::NumericVector nvec(130);
void eq(const state_type &x, state_type &dxdt, const double t){
boost_array_to_nvec2(x, nvec);
my_fun22(nvec,t);
nvec_to_boost_array2(nvec, dxdt);
}
Rcpp::NumericMatrix my_fun(const Rcpp::NumericVector vs) {
state_type x = nvec_to_boost_array(vs); // initial conditions
integrate_const(make_dense_output( 1E-4 , 1E-4 , stepper_type () ) ,
eq , x , 0.0 , 120.0 , 1.0 , write_cout);
return data;
}
问题是mod_cpp函数中包含的模型的所有参数都是固定的。我现在要做的是创建另一个与my_fun完成相同工作的函数,但这取决于模型的某些参数。更确切地说,创建一个名为my_fun2(vs,theta)的函数,该函数依赖于vs AND theta。我已经尝试过这样做了,但是在my_fun函数中重新定义eq函数很困难,因为它不允许在R中的另一个函数中定义一个函数。我错过了什么吗?
答案 0 :(得分:0)
为了实现你想要的东西,我会使用c ++ 11 lambda函数而不是创建eq
作为函数我将它定义为二阶函数:一个函数返回一个不同的函数,哪个参数可以是{ {1}}你提到过。例如:
theta
然后修改后的...
Rcpp::NumericMatrix my_fun(const Rcpp::NumericVector vs, const float theta) {
state_type x = nvec_to_boost_array(vs); // initial conditions
integrate_const(make_dense_output( 1E-4 , 1E-4 , stepper_type () ) ,
eq(theta) , x , 0.0 , 120.0 , 1.0 , write_cout);
...
}
就像:
eq
这样您就可以在执行时间内传递参数。我还没有测试过,但我想这个想法应该没问题。
要使用c ++ 11功能,您需要确保在系统路径中安装了c ++编译器,该编译器可以编译c ++ 11代码并编辑R项目中的std::function<void(const state_type, state_type, const double)> eq(const float theta) {
return [&theta](const state_type &x, state_type &dxdt, const double t) {
// do something with theta here
// for instance, modify nvec
...
// then your old function body
boost_array_to_nvec2(x, nvec);
my_fun22(nvec,t);
nvec_to_boost_array2(nvec, dxdt);
}
}
文件并在顶部添加以下内容:
Makevars
例如,有关此here的更多信息。