以Rmd格式保存Rscript

时间:2018-05-18 12:21:55

标签: r r-markdown

我有R脚本。

mydat=read.csv("C:/Users/Admin/Downloads/test.csv", sep=";",dec=",")
View(mydat)
str(mydat)

#deleted after FS
mydat$symboling.<-NULL
mydat$make.<-NULL
mydat$num.of.cylinders.<-NULL
mydat$fuel.type.<-NULL
mydat$aspiration.<-NULL
mydat$num.of.cylinders.<-NULL

#this vars have  small num. of obs.
mydat$engine.type.<-NULL
mydat$engine.location.<-NULL
mydat$num.of.doors.<-NULL 
mydat=na.omit(mydat)

#Feature Selection
FS=Boruta(normalized.losses.~.,data=mydat)
getSelectedAttributes(FS, withTentative = F)
plot(FS, cex.axis=0.5)

#get scatterplot
scatter.smooth(x=mydat$length.,y=mydat$normalized.losses.,main="normalized losse~length")


#split sample on train and sample
index <- sample(1:nrow(mydat),round(0.70*nrow(mydat)))
train <- mydat[index,]
test <- mydat[-index,]

我必须以Rmarkdown格式(html)保存它。 当然在Rstudio中我可以这样做: file-new file-rmarkdown-HTML

我得到这个脚本

```{r cars}
summary(cars)
```

我不想手动编写这个前缀```{r}。 是否可以使那些由注释

分隔的代码部分
#

#

以rmarkdown格式保存? 在输出中我期望例如

```{r}
mydat$symboling.<-NULL
mydat$make.<-NULL
mydat$num.of.cylinders.<-NULL
mydat$fuel.type.<-NULL
mydat$aspiration.<-NULL
mydat$num.of.cylinders.<-NULL
```

1 个答案:

答案 0 :(得分:2)

您可以使用spin()包中的knitr功能。 它将生成.md文件(但您可以将中间.Rmdprecious = TRUE参数保持一致),使用'#'字符作为'文档参数:

  

<强>文档   用于标识文档行的正则表达式;默认情况下它遵循roxygen约定,但它可以自定义,例如如果要使用##表示文档,可以使用'^ ## \ s *'。

例如:

spin('test.R', precious = TRUE, doc = '#')

产生

test.Rmd

```{r }
mydat=read.csv("C:/Users/Admin/Downloads/test.csv", sep=";",dec=",")
View(mydat)
str(mydat)
```

deleted after FS

```{r }
mydat$symboling.<-NULL
mydat$make.<-NULL
mydat$num.of.cylinders.<-NULL
mydat$fuel.type.<-NULL
mydat$aspiration.<-NULL
mydat$num.of.cylinders.<-NULL
```

this vars have  small num. of obs.
...

test.md

```r
mydat=read.csv("C:/Users/Admin/Downloads/test.csv", sep=";",dec=",")
```

```
## Warning in file(file, "rt"): cannot open file 'C:/Users/Admin/Downloads/
## test.csv': No such file or directory
```

```
## Error in file(file, "rt"): cannot open the connection
```

```r
View(mydat)
```
...

您还可以查看stitch()函数和sibilings(stitch_rhtmlstitch_rmd),看看here