awk:打印与文件中的模式不匹配的行,查看特定列

时间:2018-05-13 20:34:21

标签: awk pattern-matching bioinformatics text-processing

我有idFile

1006006
1006008
1006011
1007002
......   

famFile

1006 1006001 1006016 1006017 1
1006 1006006 1006016 1006017 1
1006 1006007 0       0       2
1006 1006008 1006007 1006006 2
1006 1006010 1006016 1006017 2
1006 1006011 1006016 1006017 1
1006 1006016 0       0       2
1006 1006017 0       0       1
1007 1007001 1007950 1007015 2
1007 1007002 1007014 1007015 2
......

我需要点击来自famFile的所有行,其中第二列匹配idFile中的任何一行。

This command:

awk 'BEGIN { while(getline <"idFile") id[$0]=1; }
id[$2] ' famFile

返回所有匹配项:

1006 1006006 1006016 1006017 1
1006 1006008 1006007 1006006 2
1006 1006011 1006016 1006017 1
1007 1007002 1007014 1007015 2
......

但是如何修改命令以获得匹配的补充?

1 个答案:

答案 0 :(得分:2)

$ awk 'NR==FNR{a[$1];next} !($2 in a)' idFile famFile
1006 1006001 1006016 1006017 1
1006 1006007 0       0       2
1006 1006010 1006016 1006017 2
1006 1006016 0       0       2
1006 1006017 0       0       1
1007 1007001 1007950 1007015 2

说明:

$ awk '
NR==FNR {                  # process the idFile
    a[$1]                  # hash to a 
    next                   # next id
}
!($2 in a)                 # if the second field id is not in a, output record
' idFile famFile           # mind the file order