OpenMPI进程关联

Question

当我执行mpirun --map-by node --bind-to numa --report-bindings ./out 26时，--bind-to选项会导致以下错误：

  

在Linux上，缺乏功能可能意味着你在   Linux中不支持处理器和内存关联的平台   本身，或者hwloc是在没有NUMA和/或处理器亲和力的情况下构建的   支持。在构建hwloc时（取决于你的Open MPI）   安装，可能嵌入Open MPI本身），重要的是   有libnuma标头和库文件可用。不同的linux   发行版以不同的名称打包这些文件;寻找   包含“numa”字样的包。您可能还需要开发人员   包的版本（例如，名称中带有“dev”或“devel”）   获取相关的头文件。

ompi_info | grep hwloc显示：

  

MCA hwloc：hwloc1117（MCA v2.1.0，API v2.0.0，Component v3.0.0）MCA

     

rtc：hwloc（MCA v2.1.0，API v1.0.0，Component v3.0.0）

所以我猜我支持流程亲和力。我有26个双核节点，我想每个节点只使用1个CPU。为什么我不能绑定进程？

Answer 1

您确定Open MPI无法绑定进程吗？

请注意，您的命令行会尝试将MPI进程绑定到NUMA域（大多数时候是套接字）。如果要绑定到核心，那么

mpirun -bind-to core ...

为了检查进程绑定

mpirun -report-bindings ...

由于缺少库，您可以设置进程关联但不能设置内存关联。

 sudo yum install -y numactl-devel 

应该在基于RedHat的系统上做到这一点。 在此之后，您需要configure和make install。